Pajek
分析和可视化大型网络的程序
参考手册
List of commands with short explanation
version 1.16
Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar
翻译:先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、大头、三
叶草
整理:饭团
Ljubljana, October 4, 2006
1996, 2006 V. Batagelj, A. Mrvar. Free for noncommercial use.
PdfLaTex version October 1, 2003
Vladimir Batagelj
Department of Mathematics, FMF
University of Ljubljana, Slovenia
http://vlado.fmf.uni-lj.si/
vladimir.batagelj@fmf.uni-lj.si
Andrej Mrvar
Faculty of Social Sciences
University of Ljubljana, Slovenia
http://mrvar.fdv.uni-lj.si/
andrej.mrvar@fdv.uni-lj.si
目 录
1.Pajek介绍.......................................................................................................................................1
2.数据对象........................................................................................................................................3
3 主窗口工具栏...............................................................................................................................7
3.1 File(文件) ......................................................................................................................7
3.2 Net(网络).....................................................................................................................11
3.3 Nets(网).............................................................................................................................26
3.4 Operation(操作)...........................................................................................................28
3.5 Partition(分类).............................................................................................................34
3.6 Partitions(分类) ...........................................................................................................35
3.7 Vector(向量) ................................................................................................................35
3.8 Vectors(向量)...............................................................................................................36
3.9 Permutation(排序) .......................................................................................................37
3.10 Cluster(类) .................................................................................................................37
3.11 Hierarchy(层次).........................................................................................................37
3.12 Options(选项) ............................................................................................................38
3.13 Info(信息) .......................................................................................................................40
3.14 Tools(工具) .....................................................................................................................40
4 绘图窗口工具.............................................................................................................................42
4.1 主窗口绘图工具..............................................................................................................42
4.2 Layout(布局) ...............................................................................................................42
4.3 Layers(图层)................................................................................................................43
4.4 GraphOnly(仅图形).....................................................................................................44
4.5 Previous(退回到前一次操作).....................................................................................44
4.6 Redraw(重绘) ..............................................................................................................44
4.7 Next(下一步)...............................................................................................................44
4.8 Options(选项) ..............................................................................................................45
4.9 Export (导出) ....................................................................................................................47
4.10 Spin(旋转) .................................................................................................................49
4.11 Move(移动)................................................................................................................49
4.12 Info (信息) ......................................................................................................................49
5 Exports to EPS/SVG/VRML........................................................................................................50
5.1 Defaults (默认值)..............................................................................................................50
5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window(在EPS/SVG/VRML默认窗口中
的参数).................................................................................................................................50
5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数 .........................................52
6 在Pajek中使用Macros(宏)....................................................................................................57
6.1 什么是Macro(宏)? ...................................................................................................57
6.2 怎样标明一段宏?..........................................................................................................57
6.3 如何运行宏?..................................................................................................................57
6.4 例子..................................................................................................................................57
6.5 重复最后的命令..............................................................................................................57
附加信息.........................................................................................................................................59
Pajek – Manual 1
1.Pajek介绍
Pajek 运行在 Windows 环境,用于带上千及至数百万个结点大型网络的分析和可视化
操作。在斯洛文尼亚语中 Pajek 是蜘蛛的意思。最新 Pajek 版本通过以下途径获取,但限于
非商业用途:
http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/
我们于 1996 年 11 月应用 Delphi(Pascal)语言,开始开发 Pajek,其中的一些程序由 Matjaz
Zaversnik 提供。
当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式时,我们萌发了开发 Pajek 的动机。Pajek
向以下网络提供分析和可视化操作工具:合著网、化学有机分子、蛋白质受体交互网、家谱、
因特网、引文网、传播网(AIDS,新闻,创新)、数据挖掘(2-mode 网)等。大型网络集
在这里也可找到:
http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/
对 Pajek 的设计工作,得益于我们先前的开发经历:包括开发 gragh 数据结构,以及
Gragh 和 X-graph 的算法库,集成 Stran, RelCalc, Draw, Energ,以及基于 SGML 的图形描述
语言 NetML 等的经历。
http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/default.htm
图 1:Pajek / 蜘蛛
1 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 2
图 2:处理大型网络的途径
设计 Pajek 的主要目的:
支持将大型网络分解成几个较小的网络,以便使用更历久的方法进一步处理;
向作用者提供一些强大的可视化操作工具;
执行分析大型网络有效算法(subquadratic)。
通过 Pajek 可完成以下工作:在一个网络中搜索类(组成,重要结点的邻居,核等);
析取属于同一类的结点,并分别地显示出来,或者反映出结点的连接关系(更具体的局域视
角);在类内收缩结点,并显示类之间的关系(全局视角)。
除普通网络(有向、无向、混合网络)外,Pajek 还支持多关系网络,2-mode 网络(二
分(二值)图—网络由两类异质结点构成),以及暂时性网络(动态图—网络随时间演化)。
2 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 3
图 3:Pajek 教材
此手册简单地解释了运行于最新版本 Pajek 上的所有程序。我们建议初学者阅读以下
Pajek 教材:
de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek.
Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Press, 2005.
希望对使用 Pajek 进行网络分析有一个概览,请阅读 NICTA 工作室的幻灯片:
Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at
Nicta (National ICT Australia). http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA
2.数据对象
Pajek 是专门用来分析大型网络(含有成百上千个结点)的专用程序。包含如下六
种参数:
3 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 4
图 4:Pajek 主窗口
1. Networks(网络)-主要对象(结点和边)。默认扩展名为: .net。在输入文件中,
网络有多种表现方法:
·利用弧线/边(如:1 2-从 1 到 2 的连线)
·利用弧线列表/边序列(如:1 2 3-从 1 到 2 的连线和从 1 到 3 的连线)
·矩阵格式
·UCINET,GEDCOM,化学式
关于网络绘制的更详细的信息包含在输入文件中,在'Exports to EPS/SVG/VRML'章
节中对此有相关介绍。
2. Partitions(分类)-它指明了每个结点分别属于哪个类,默认扩展名为:.clu。
3. Permutations(排序)-将结点重新排列,默认扩展名:.per。
4. Clusters(类)-结点的子集(如:来自分类中的一个类)。默认扩展名:.cls。
5. Hierarchies(层次)-按层次关系排列的结点,例:
根结点 Root 下面有两个子群-g1 和 g2。g2 是一个叶结点,包含 v5、v6、v7 三个
结点。g1 又包含两个子群---g11 和 g12...默认扩展名:.hie。
6. Vectors(向量)-指明每个结点具有的数字属性(实数)。默认扩展名:.vec。
双击所选的网络、分类…就可以在屏幕上显示这个对象。
pajek 主窗口中的程序(见图 4)是根据输入时的数据类型来组织编排的。
排序、分类和向量用于分别从不同角度反映结点的性质,例如结点组织顺序、类别
和数字特性。
4 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 5
5 Pajek 1.16 / October 4, 2006