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pajek中文教程.pdf

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1.Pajek介绍
2.数据对象
3 主窗口工具栏
3.1 File(文件)
3.2 Net(网络)
3.3 Nets(网)
3.4 Operation(操作)
3.5 Partition(分类)
3.6 Partitions(分类)
3.7 Vector(向量)
3.8 Vectors(向量)
3.9 Permutation(排序)
3.10 Cluster(类)
3.11 Hierarchy(层次)
3.12 Options(选项)
3.13 Info(信息)
3.14 Tools(工具)
4 绘图窗口工具
4.1 主窗口绘图工具
4.2 Layout(布局)
4.3 Layers(图层)
4.4 GraphOnly(仅图形)
4.5 Previous(退回到前一次操作)
4.6 Redraw(重绘)
4.7 Next(下一步)
4.8 Options(选项)
4.9 Export (导出)
4.10 Spin(旋转)
4.11 Move(移动)
4.12 Info (信息)
5 Exports to EPS/SVG/VRML
5.1 Defaults (默认值)
5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window(在EPS/SVG/VRML默认窗口中的参数)
5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数
6 在Pajek中使用Macros(宏)
6.1 什么是Macro(宏)?
6.2 怎样标明一段宏?
6.3 如何运行宏?
6.4 例子
6.5 重复最后的命令
附加信息
vlado.fmf.uni-lj.si
Networks / Publications & Data
Pajek 分析和可视化大型网络的程序 参考手册 List of commands with short explanation version 1.16 Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar 翻译:先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、大头、三 叶草 整理:饭团 Ljubljana, October 4, 2006 1996, 2006 V. Batagelj, A. Mrvar. Free for noncommercial use. PdfLaTex version October 1, 2003
Vladimir Batagelj Department of Mathematics, FMF University of Ljubljana, Slovenia http://vlado.fmf.uni-lj.si/ vladimir.batagelj@fmf.uni-lj.si Andrej Mrvar Faculty of Social Sciences University of Ljubljana, Slovenia http://mrvar.fdv.uni-lj.si/ andrej.mrvar@fdv.uni-lj.si
目 录 1.Pajek介绍.......................................................................................................................................1 2.数据对象........................................................................................................................................3 3 主窗口工具栏...............................................................................................................................7 3.1 File(文件) ......................................................................................................................7 3.2 Net(网络).....................................................................................................................11 3.3 Nets(网).............................................................................................................................26 3.4 Operation(操作)...........................................................................................................28 3.5 Partition(分类).............................................................................................................34 3.6 Partitions(分类) ...........................................................................................................35 3.7 Vector(向量) ................................................................................................................35 3.8 Vectors(向量)...............................................................................................................36 3.9 Permutation(排序) .......................................................................................................37 3.10 Cluster(类) .................................................................................................................37 3.11 Hierarchy(层次).........................................................................................................37 3.12 Options(选项) ............................................................................................................38 3.13 Info(信息) .......................................................................................................................40 3.14 Tools(工具) .....................................................................................................................40 4 绘图窗口工具.............................................................................................................................42 4.1 主窗口绘图工具..............................................................................................................42 4.2 Layout(布局) ...............................................................................................................42 4.3 Layers(图层)................................................................................................................43 4.4 GraphOnly(仅图形).....................................................................................................44 4.5 Previous(退回到前一次操作).....................................................................................44 4.6 Redraw(重绘) ..............................................................................................................44 4.7 Next(下一步)...............................................................................................................44 4.8 Options(选项) ..............................................................................................................45 4.9 Export (导出) ....................................................................................................................47 4.10 Spin(旋转) .................................................................................................................49 4.11 Move(移动)................................................................................................................49 4.12 Info (信息) ......................................................................................................................49 5 Exports to EPS/SVG/VRML........................................................................................................50 5.1 Defaults (默认值)..............................................................................................................50 5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window(在EPS/SVG/VRML默认窗口中 的参数).................................................................................................................................50 5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数 .........................................52 6 在Pajek中使用Macros(宏)....................................................................................................57 6.1 什么是Macro(宏)? ...................................................................................................57 6.2 怎样标明一段宏?..........................................................................................................57 6.3 如何运行宏?..................................................................................................................57 6.4 例子..................................................................................................................................57 6.5 重复最后的命令..............................................................................................................57 附加信息.........................................................................................................................................59
Pajek – Manual 1 1.Pajek介绍 Pajek 运行在 Windows 环境,用于带上千及至数百万个结点大型网络的分析和可视化 操作。在斯洛文尼亚语中 Pajek 是蜘蛛的意思。最新 Pajek 版本通过以下途径获取,但限于 非商业用途: http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ 我们于 1996 年 11 月应用 Delphi(Pascal)语言,开始开发 Pajek,其中的一些程序由 Matjaz Zaversnik 提供。 当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式时,我们萌发了开发 Pajek 的动机。Pajek 向以下网络提供分析和可视化操作工具:合著网、化学有机分子、蛋白质受体交互网、家谱、 因特网、引文网、传播网(AIDS,新闻,创新)、数据挖掘(2-mode 网)等。大型网络集 在这里也可找到: http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/ 对 Pajek 的设计工作,得益于我们先前的开发经历:包括开发 gragh 数据结构,以及 Gragh 和 X-graph 的算法库,集成 Stran, RelCalc, Draw, Energ,以及基于 SGML 的图形描述 语言 NetML 等的经历。 http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/default.htm 图 1:Pajek / 蜘蛛 1 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 2 图 2:处理大型网络的途径 设计 Pajek 的主要目的: 支持将大型网络分解成几个较小的网络,以便使用更历久的方法进一步处理; 向作用者提供一些强大的可视化操作工具; 执行分析大型网络有效算法(subquadratic)。 通过 Pajek 可完成以下工作:在一个网络中搜索类(组成,重要结点的邻居,核等); 析取属于同一类的结点,并分别地显示出来,或者反映出结点的连接关系(更具体的局域视 角);在类内收缩结点,并显示类之间的关系(全局视角)。 除普通网络(有向、无向、混合网络)外,Pajek 还支持多关系网络,2-mode 网络(二 分(二值)图—网络由两类异质结点构成),以及暂时性网络(动态图—网络随时间演化)。 2 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 3 图 3:Pajek 教材 此手册简单地解释了运行于最新版本 Pajek 上的所有程序。我们建议初学者阅读以下 Pajek 教材: de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek. Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Press, 2005. 希望对使用 Pajek 进行网络分析有一个概览,请阅读 NICTA 工作室的幻灯片: Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at Nicta (National ICT Australia). http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA 2.数据对象 Pajek 是专门用来分析大型网络(含有成百上千个结点)的专用程序。包含如下六 种参数: 3 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 4 图 4:Pajek 主窗口 1. Networks(网络)-主要对象(结点和边)。默认扩展名为: .net。在输入文件中, 网络有多种表现方法: ·利用弧线/边(如:1 2-从 1 到 2 的连线) ·利用弧线列表/边序列(如:1 2 3-从 1 到 2 的连线和从 1 到 3 的连线) ·矩阵格式 ·UCINET,GEDCOM,化学式 关于网络绘制的更详细的信息包含在输入文件中,在'Exports to EPS/SVG/VRML'章 节中对此有相关介绍。 2. Partitions(分类)-它指明了每个结点分别属于哪个类,默认扩展名为:.clu。 3. Permutations(排序)-将结点重新排列,默认扩展名:.per。 4. Clusters(类)-结点的子集(如:来自分类中的一个类)。默认扩展名:.cls。 5. Hierarchies(层次)-按层次关系排列的结点,例: 根结点 Root 下面有两个子群-g1 和 g2。g2 是一个叶结点,包含 v5、v6、v7 三个 结点。g1 又包含两个子群---g11 和 g12...默认扩展名:.hie。 6. Vectors(向量)-指明每个结点具有的数字属性(实数)。默认扩展名:.vec。 双击所选的网络、分类…就可以在屏幕上显示这个对象。 pajek 主窗口中的程序(见图 4)是根据输入时的数据类型来组织编排的。 排序、分类和向量用于分别从不同角度反映结点的性质,例如结点组织顺序、类别 和数字特性。 4 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Pajek – Manual 5 5 Pajek 1.16 / October 4, 2006
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