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计算机辅助分子设计_徐筱杰_侯廷军.pdf

发布时间：2022-06-16 发布人：admin 分类：说明书 资料大小：6.86M 资料格式：pdf 举报 版权申诉
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    第一章药物研究及计算机辅助药物分子设计 13页
    第一节 药物研究和开发的历史及现状 13页
    第二节现代药物研究的四大技术支柱 15页
    一、分子生物学、基因组学及蛋白质组学 15页
    二、组合化学 17页
    三、高通量筛选 18页
    四、与药物研究相关的信息科学及技术 19页
    第三节计算机辅助药物分子设计 23页
    一、概述 23页
    二、CADD 方法的分类 24页
    参考文献 27页
    第二章计算化学中的最优化方法 29页
    第一节 引论 29页
    一、最优化问题概述 29页
    二、数学预备知识 30页
    三、最优化条件 38页
    第二节数值最优化方法 42页
    一、最优化算法的基本结构 42页
    二、无约束问题的最优化方法 45页
    参考文献 65页
    第三章计算化学中的非数值最优化方法 66页
    第一节引论 66页
    一、计算复杂性 66页
    二、局部搜索算法 68页
    三、组合优化问题算法设计的思路 70页
    第二节模拟退火 75页
    一、算法的基本结构 75页
    二、冷却进度表的选择 78页
    三、几种改进算法 85页
    第三节遗传算法 89页
    一、算法概述 90页
    二、遗传算法的数学基础 95页
    三、算法的改进形式 98页
    四、常规遗传算法的变形 104页
    第四节神经网络 106页
    一、人工神经网络基本模型简介 106页
    二、用于优化计算的网络模型连续型 Hopfield网络 108页
    三、自组织网 112页
    参考文献 115页
    第四章分子力场和力场参数化 118页
    第一节分子力场的势函数形式 120页
    一、键伸缩能 121页
    二、键角弯折能 122页
    三、二面角扭转能 123页
    四、交叉相互作用项 124页
    五、范德华相互作用能 124页
    六、静电相互作用 125页
    七、共轭体系 127页
    第二节分子力场的分类 127页
    一、传统力场 127页
    二、第二代力场 130页
    三、通用力场 132页
    四、其他力场 133页
    第三节力场参数的拟合 133页
    一、基于振动频率的力场参数拟合 135页
    二、基于实验值的范德华参数拟合 141页
    三、基于量化计算的力场参数拟合 143页
    参考文献 147页
    第五章构象分析方法 151页
    第一节小分子的构象分析方法 151页
    一、系统搜索方法 151页
    二、片段连接方法 154页
    三、随机搜索方法 155页
    四、距离几何方法 155页
    五、分子动力学方法 158页
    六、基于遗传算法的构象分析方法 160页
    第二节蛋白质结构的预测 161页
    一、同源模建 162页
    二、Modeler一个简单而有效的蛋白质模建方法 171页
    三、反相折叠方法 172页
    四、从头折叠方法161参考文献 174页
    第六章分子动力学 176页
    第一节积分方法 177页
    第二节初始化 179页
    第三节粒子受力的求算 181页
    一、键伸缩能 181页
    二、键角弯折能 182页
    三、二面角扭转能 183页
    四、非键相互作用能 184页
    第四节边界条件 185页
    一、周期性边界条件 185页
    二、非周期性边界条件 186页
    第五节非键相互作用能的处理 187页
    一、截断值方法 187页
    二、FMM 方法 189页
    三、Barnes-Huts算法 192页
    四、周期性边界条件方法 193页
    第六节约束条件动力学 198页
    第七节恒温和恒压分子动力学 200页
    一、恒温分子动力学 200页
    二、恒压分子动力学 200页
    第八节分子动力学轨迹分析 201页
    一、静态热力学性质 202页
    二、相关函数 206页
    三、迁移特性 207页
    参考文献 207页
    第七章溶剂效应 209页
    第一节显示溶剂模型 210页
    第二节连续介质模型 211页
    一、表面加和模型 211页
    二、泊松-玻耳兹曼模型 214页
    三、GB/SA 模型 220页
    四、模型多级矩展开方法 225页
    五、极化的连续介质模型 225页
    六、SMx系列溶剂化模型 227页
    参考文献 228页
    第八章结合自由能计算 230页
    第一节 引言 230页
    一、熵增加原理和 Gibbs自由能 230页
    二、受体-配体结合的亲和力 232页
    三、自由能计算方法的分类 235页
    第二节自由能微扰和热力学积分方法 235页
    一、自由能微扰方法 236页
    二、热力学积分方法 238页
    三、FEP和 TI在药物设计中的应用 239页
    第三节基于主方程的自由能计算方法 241页
    一、MM/PBSA 方法的原理 241页
    二、MM/PBSA 方法的应用 242页
    三、MM/PBSA 方法的发展和完善 244页
    第四节基于经验方程的自由能预测 246页
    一、Bhm 的自由能预测模型 246页
    二、Eldredge的自由能预测模型 247页
    三、Head的自由能预测模型 248页
    第五节LIE 方法 249页
    一、LIE 方法的原理 249页
    二、LIE 方法的应用 251页
    三、LIE 方法的前景和缺陷 253页
    参考文献 254页
    第九章定量构效关系方法研究 258页
    第一节 二维定量构效关系方法 258页
    一、Hansch法 258页
    二、Free-Wilson法 262页
    三、各种参数 262页
    第二节建立定量构效关系模型的统计方法 275页
    一、回归分析 275页
    二、遗传算法 277页
    三、人工神经网络 279页
    第三节三维定量构效关系方法 280页
    一、距离几何3D-QSAR 280页
    二、分子形状分析 282页
    三、比较分子场分析方法 284页
    四、虚拟受体方法 289页
    第四节QSAR 的应用 293页
    一、2D-QSAR 的应用 293页
    二、3D-QSAR 的应用 299页
    参考文献 301页
    第十章 药效团模型方法 307页
    第一节药效团模型的表达 308页
    一、药效特征元素 308页
    二、几何约束 311页
    第二节药效团模型的识别 312页
    一、药效团识别的基本步骤 313页
    二、分子叠合和活性构象 313页
    第三节基于药效团模型的数据库搜索 315页
    一、基于药效团的数据库搜索 315页
    二、柔性构象搜索 316页
    第四节药效团识别系统 317页
    一、Receptor 317页
    二、Apex-3D 318页
    三、DISCO 319页
    四、GASP 320页
    五、CATALYST 321页
    六、几种药效团识别系统的性能比较 323页
    第五节药效团模型方法的应用 326页
    一、MuscarinicM3受体拮抗剂的设计 327页
    二、5-HT3受体拮抗剂的设计 329页
    三、MC 增生抑制剂的设计 330页
    四、PKC 抑制剂的设计 331页
    五、HIV-1整合酶抑制剂的设计 332页
    参考文献 333页
    第十一章分子对接方法 337页
    第一节分子对接的原理 337页
    一、分子对接的理论基础 337页
    二、分子对接方法的分类 338页
    三、分子对接方法中的重要问题 338页
    第二节几种有代表性的分子对接方法 339页
    一、DOCK 340页
    二、AUTODOCK 344页
    三、FlexX 347页
    四、Affinity 349页
    五、LigandFit 352页
    六、SFDOCK 353页
    第三节虚拟筛选的策略 355页
    第四节分子对接在药物设计中的应用 357页
    一、胸苷酸合成酶抑制剂的设计 360页
    二、DHFR 抑制剂的设计 361页
    三、EGFR 和抑制剂间相互作用模式的研究 361页
    参考文献 362页
    第十二章从头设计方法 366页
    第一节从头设计方法的分类 366页
    一、片段定位法 367页
    二、位点连接法 368页
    三、片段连接法 369页
    四、逐步生长法 372页
    第二节几种重要的从头设计方法 374页
    一、GRID 374页
    二、MCSS 375页
    三、HINT 377页
    四、LUDI 378页
    五、Leapfrog 381页
    第三节从头设计在药物开发中的应用 383页
    一、fⅩa抑制剂的设计 384页
    二、全新 FKBP-12配体的设计 385页
    参考文献 386页
    第十三章分子三维结构数据库和虚拟组合化学 389页
    第一节三维结构数据库 390页
    一、剑桥结构数据库 391页
    二、国家癌症研究所 392页
    三、AvailableChemicalsDirectory3D (ACD-3D) 392页
    四、AvailableChemicalsDirectory-Screening (ACD-SC) 393页
    五、MDLDrugDataReport3D (MDDR-3D) 393页
    六、ComprehensiveMedicinalChemistry (CMC) 393页
    七、类似物设计的结构数据库 BIOSTER 394页
    八、Chapman & HallDictionaryofNaturalProduct (DNP) 394页
    九、Metabolite 394页
    十、Toxicity 394页
    十一、中草药三维结构数据库 395页
    第二节分子结构的拓扑表达和结构转化 397页
    一、分子结构的拓扑表达 398页
    二、分子三维结构的转化 399页
    第三节数据库搜索技术 400页
    一、子结构匹配 400页
    二、相似性搜索 404页
    第四节重要的三维结构搜索系统 407页
    一、MDL/Base 407页
    二、Unity 408页
    第五节计算组合化学方法 408页
    一、组合化学 408页
    二、组合合成设计 409页
    三、虚拟组合库的筛选 412页
    参考文献 415页
    第十四章药代动力学特征和毒性的预测 417页
    第一节药代动力学特征的预测 418页
    一、脂水分配系数 418页
    二、脑血分配系数 426页
    三、肠通透性 432页
    四、水溶性 434页
    第二节分子毒性的预测 437页
    一、引论 437页
    二、计算机辅助的化合物毒性预测方法 439页
    三、常见化合物毒性预测软件 448页
    参考文献 454页
    第十五章EGF-R 和抑制剂间相互作用模式的研究 459页
    第一节酪氨酸蛋白激酶 459页
    一、PTK 的结构特征 459页
    二、EGF-R 的结构特征 460页
    三、EGF-R 抑制剂的分类 462页
    第二节苯胺喹唑啉类抑制剂的三维构效关系 466页
    一、计算方法 467页
    二、结果与讨论 473页
    第三节EGF-R 和喹唑啉类抑制剂结合模式的预测 478页
    一、计算方法 479页
    二、结果与讨论 481页
    参考文献 485页
    第十六章HIV-1蛋白酶抑制剂的设计 488页
    第一节HIV-1病毒的结构和侵袭靶细胞的机制 488页
    第二节基于 HIV 蛋白酶的抑制剂设计 492页
    一、HIV 蛋白酶的结构 492页
    二、HIV 蛋白酶抑制剂 493页
    三、HIV 蛋白酶抑制剂的计算机辅助设计实例 500页
    参考文献 504页
    附录一分子模拟方法中常用概念和名词 507页
    一、分子坐标表示 507页
    二、分子表面 510页
    三、分子图形显示模型 512页
    四、量化计算常见术语简介 514页
    附录二药物分子设计中常用软件列表 517页
    1 大型分子模拟软件系统 517页
    2 小型分子模拟软件系统 519页
    3 小型药物设计软件系统 520页
    4 常用量化计算软件 521页
    5 分子力学、分子动力学和蒙特卡罗模拟软件 522页
    6 QSAR 和分子参数计算软件 525页
    7 药效团模拟软件 530页
    8 分子对接软件 531页
    9 从头设计方法 534页
    10 分子相似性和差异性分析以及组合库设计 536页
    11 药代动力学和毒性预测软件 538页
    12 蛋白质三维结构模建、结构评估和活性位点预测软件 541页
    13 数据库搜索软件 544页
    14 分子叠合 544页
    15 二维转三维和文件格式转换软件 545页
    16 分子显示软件 546页
    17 求解 PB方程的软件 548页
    18 化学软件开发包 548页
    19 国内主要软件代理商的相关信息 549页
    附录三常见毒性数据库简介 550页
    1RTECS (theRegistryofToxicEffectsofChemicalSubstances)
    2HSDB (theHazardousSubstancesDataBank) 550页
    3TOXLINE 550页
    4MICROMEDEX 550页
    5Toxicity 550页
    计算机辅助药物分子设计 徐筱杰 侯廷军 乔学斌 章威 　 　 编著 　 　
    （京）新登字 号 ０３９ 图书在版编目 （ＣＩＰ）数据 计算机辅助药物分子设计 　 化学工业出版社 ，２００４４ 徐筱杰等编著 ／ 北京 ： ．— 　ＩＳＢＮ７５０２５５５２０Ｘ 计 徐 教材 　Ⅰ 助设计 …　Ⅱ 高等学校   中国版本图书馆 …　Ⅲ  　ⅣＲ９６２ 数据核字 　 ＣＩＰ 药物 化学结构 计算机辅  （２００４） 第 号 ０４３８４４ 计算机辅助药物分子设计 徐筱杰 章威 　 　 编著 侯廷军 乔学斌 　 责任编辑 　 杜进祥 ： 文字编辑 责任校对 封面设计 焦欣渝 洪雅姝 郑小红 ： ： ： 　　　　 　　　　 　　　　 　　　　 化 学 工 业 出 版 社  现代生物技术与医药科技出版中心 出版发行 北京市朝阳区惠新里 （ 号 ３ 　 邮政编码 １０００２９） 发行电话 ：（０１０）６４９８２５３０ ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｉｐ．ｃｏｍ．ｃｎ 新华书店北京发行所经销  化学工业出版社印刷厂印刷 三河市前程装订厂装订 开本 ７８７ｍｍ×１０９２ｍｍ　１／１６　 年 月第 年 版 ２００４ ７ １ 　２００４ ７ ３４　 月北京第 ８６４ 次印刷 １ 印张 字数 千字 ＩＳＢＮ７５０２５５５２０Ｘ／Ｒ·２２０ 定 价 　 ：７５００ 元 该书如有缺页 、 违者必究 版权所有 倒页 、 　 脱页者 本社发行部负责退换 ，
    前 言 　　 从 的阶段 ２０ ， 世纪 年代开 始 ， ９０ 即合理药物设计的阶段 随 着 各 种 学 科 的 发 展 ， 所谓合理药物设计 。 药 物 设 计 进 入 了 一 个 崭 新 是依据生物化学 酶学 ， 、 、 针 对 这 些 基 础 分子生物学 、 研究中所揭示的包 括 酶 、 遗传学 信 息 学 以 及 计 算 化学 等 学 科 的 研 究 成 果 ， ， 参考其他类源 性 配 体 或 天 然 产 物 底 物 的 化 学 结 构 特 征 设 计 出合 理 的 药 物 分 子 、 、 受 体 离 子 通 道 以 及 核 酸 等 潜 在 的 药 物 设 计 靶 点 并 以发现选择性作用于 某 种 靶 点 的 新 药 这 是 目 前 新 药 发 现 的 主 要 方 向 。 ， 物设计取得重大突破的重要原因之一就是计算机辅助药物设计 发展 。 尤其是 发展 ２０ ，ＣＡＤＤ 从 世纪 年代 构 效 关 系 方 法 提 出 以 后 ２０ 世纪 ６０ 年代 以 后 ９０ 已经从基础 理 论 的 研 究 开 始 过渡 到 实 际 应 用 的 阶 段 ， 随 着 多 种 新 的 方 法 的出 现 以 及 计 算 机 技 术 的 高 速 各 种 ， ＣＡＤＤ 经 过 ， ４０ （ＣＡＤＤ） 多 年 的 探 索 和 努 力 ， 参与设计的药物已经相继上市或进入临床研究阶段 。 ， 合 理 药 方法的 从 世纪 ２０ ７０ 年代至今 我国的 ， ＣＡＤＤ 但与国际先进水平相比 我国仍有较大的差 距 ， 及相关理论计算方法 的 专 著 还 比 较 少 ， 助药物分子设 计 及 相 关 理 论 方 法 ， 方法研究和应用取得了很大的进展 另 外 ， 。 我 国 介 绍 ＣＡＤＤ 为 了 使 我 国 读 者 更系 统 地 了 解 计 算 机 辅 ， 方 法 以 促 进 我 国 在 这一 领 域 中 的 技 术 进 步 和 发 展 作者根据掌握的国内 外 最 新 进 展 和 多 年 研 究 工 作 的 积 累编 写 了 本 书 。 容主要分为三个部分 ： 第 一 部 分 介 绍 了 计 算 机 辅 助 药 物 设计 的 发 展 概 况 与 计 算 机辅助药物分子设计有关的统计和理论计算方法 ， 分子力学方法 、 分子 动 力 学 方 法 、 构 象 分 析 方 法 、 包括数值和非数值优化方法 、 溶 剂 效 应 以 及 自 由 能 计 算 方 法 法 ； 、 第二部分介绍了计 算 机 辅 助 药 物 分 子 设 计 中的 主 要 方 法 包 括 构 效 关 系 方 ， 药效团模型方法 从头设 计 方 法 分 子 对 接 方 法 数 据 库 搜 索 方 法 药 代 、 、 、 、 动力学以及毒性的预 测 方 法 第 三 部 分 则 选 择 了两 个 具 体 的 实 例 ， 机辅助药物分子设计 方 法 在 药 物 先 导 化 合 物 发 现 和 优 化方 面 的 应 用 ； ， 本 书 的 内 介 绍 了 计 算 附 录 一 和 。 中常用的软 ＣＡＤＤ 附录二则简要介绍了 方法中几个常用的概念及列出了 件和程 序 在 介 绍 。 ＣＡＤＤ ＣＡＤＤ 方 法 和 应 用 的 基 础 上 本 书 还 用 了 大 量 篇 幅 介 绍 ， ＣＡＤＤ 等数学 方法在 中涉及的相关理 论 和 计 算 方 法 这 部 分 内 容 涉 及 了 较 多 的 线 性 代 数 高 、 ， 分析力学 、 、 统计 力 学 以 及 量 子 力学 等 学 科 的 相 关 内 容 这 些 理 论 计 算 。 中应用非常广泛或是某些 方法的重要组成部分 ＣＡＤＤ ＣＡＤＤ 的了解可以帮助读者更加深入地理解后续章节中 介 绍 的 方 法 ＣＡＤＤ 对其系统 当 然 这 ， ， 。
    几章的内 容 也 具 有 相 对 的 独 立 性 方法和应用的相 关 章 节 ＣＡＤＤ 要原因是这部分涉及 的 内 容 非 常 广 泛 。 读 者 完 全 可 以跳 过 这 部 分 内 容 而 直 接 阅 读 ， 本 书 没 有 单 独 分出 章 节 介 绍 量 子 化 学 方 法 主 ， 在 很 小 的 篇 幅 内 很难 对 其 做 出 系 统 及 有 ， 此外 ， 国内外 关 于 这 方 面 的 专著 也 很 多 有 需 要 的 作 者 可 以 参 考 有 ， 本书力求介绍 方法研究和应用领域的最新进展 但 ， 涉 及 的 内 容 非 常 广 泛 是 ＣＡＤＤ 加 上 作 者 国际上非常活跃的 研 究 领 域 发 展 速 度 很 快 ＣＡＤＤ ， 在写作的过程难免有遗漏和错误 恳请读者批评和指正 效的阐述 关的著作 ， 。 学识有限 ， ， 。 ， ， 第 二 章 本书的第一章由徐筱 杰 教 授 执 笔 四章由侯廷军博士和 章 威 执 笔 ， 七章 ～ 第十三章由侯廷军博士执笔 ， ， 第 五 章 第 三 章 由 乔 学 斌 博 士 执 笔 第 ， ～ 第 六 章 由 章 威 和 侯 廷 军 博 士 执 笔 ， 第十四章由侯廷军博士和乔学斌博士执笔 ～ 第 第十五章 ～ 威共同完成 第十六 章 由 侯 廷 军 博 士 执 笔 附 录 由 侯 廷 军 博 士 、 ， 最后全书由徐筱杰教授和侯廷军博士修改定稿 。 。 ， 乔 学 斌 博 士 和 章 本书是徐筱杰教授课题组多年研究工作的结晶 是组里一届又一届本科生 、 ， 研究生研究工作的经 验 总 结 和 积 累 。 多 年 来 我 们 的 工 作 得到 国 内 同 行 们 的 许 多 支持与帮助 ， 力支持与帮助 也得到养 生 堂 药 业 有 限 公 司 、 创 腾 科 技 有 限 公 司 及 凯 鹏 公 司 的 大 作者特 向 他 们 致 以 衷 心 的 感 谢 。 。 书 中 引 用 了 大 量 国 内 外 同 行 发 表的一些宝贵资料 在此一并致谢 ， 。 编者 年 ３ 　 月 ２００４
    目 录 　　 药物研究及计算机辅助药物分子设计 ………………………………………………… …………………………………………………… ……………………………………………………… ………………………………………………… 计算化学中的最优化方法 …………………………………………………………… ………………………………………………………………………………… 第二章 　 第一节 　 引论 　　 　　 、 、 　 最优化问题概述 数学预备知识 最优化条件 一 二 三 　　 、 第二节 　 、 一 二 参考文献 、 　　 　　 　　 数值最优化方法 　 最优化算法的基本结构 无约束问题的最优化方法 ……………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… …………………………………………………………………… ……………………………………………………………… …………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 第三章 　 第一节 　 　　 　　 一 二 三 一 二 三 　　 、 第二节 　 　　 　　 、 、 　　 、 第三节 　 一 二 三 、 、 、 　　 　　 　　 计算化学中的非数值最优化方法 …………………………………………………… 引论 、 、 　 计算复杂性 局部搜索算法 组合优化问题算法设计的思路 ………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ……………………………………………………… 模拟退火 　 算法的基本结构 冷却进度表的选择 几种改进算法 遗传算法 　 算法概述 遗传算法的数学基础 算法的改进形式 …………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… …………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… ………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… 第一章 　 第一节 第二节 　 　 　　 　　 　　 、 、 、 一 二 三 四 　　 、 第三节 　 　 概述 、 一 二 参考文献 、ＣＡＤＤ 　　 　　 　　 　 药物研究和开发的历史及现状 现代药物研究的四大技术支柱 、 基因组学及蛋白质组学 　 分子生物学 组合化学 高通量筛选 与药物研究相关的信息科学及技术 计算机辅助药物分子设计 ………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… …………………………………………………… ………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 方法的分类 …………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… １ １ ３ ３ ５ ６ ７ １１ １１ １２ １５ １７ １７ １７ １８ ２６ ３０ ３０ ３３ ５３ ５４ ５４ ５４ ５６ ５８ ６３ ６３ ６６ ７３ ７７ ７８ ８３ ８６
    四 　　 、 第四节 　 、 、 一 二 三 参考文献 、 　　 　　 　　 　　 第四章 　 第一节 　 常规遗传算法的变形 ………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… 神经网络 　 人工神经网络基本模型简介 用于优化计算的网络模型 自组织网 ………………………………………………………… 连续型 网络 ……………………………… Ｈｏｐｆｉｅｌｄ ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 分子力场和力场参数化 ……………………………………………………………… 分子力场的势函数形式 …………………………………………………………… 　　 　　 　　 　　 　　 　　 、 、 、 、 、 、 　 键伸缩能 键角弯折能 二面角扭转能 交叉相互作用项 范德华相互作用能 静电相互作用 共轭体系 一 二 三 四 五 六 七 分子力场的分类 　　 、 第二节 　 　　 　　 　　 、 、 、 　 传统力场 第二代力场 通用力场 其他力场 一 二 三 四 ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… …………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………… ９２ ９４ ９４ ９６ １００ １０３ １０６ １０８ １０９ １１０ １１１ １１２ １１２ １１３ １１５ １１５ １１５ １１８ １２０ １２１ １２１ １２３ １２９ １３１ １３５ １３９ １３９ １３９ １４２ １４３ １４３ １４６ １４８ １４９ １５０ １５９ １６０ １６１ 　　 、 第三节 　 、 、 一 二 三 参考文献 、 　　 　　 　　 　　 力场参数的拟合 　 基于振动频率的力场参数拟合 基于实验值的范德华参数拟合 基于量化计算的力场参数拟合 ……………………………………………………… ……………………………………………………… ……………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 第五章 　 第一节 　 一 二 三 四 五 六 一 二 三 四 　　 　　 　　 　　 　　 　　 　　 　　 　　 　　 、 第二节 　 构象分析方法 ………………………………………………………………………… 小分子的构象分析方法 　 系统搜索方法 片段连接方法 随机搜索方法 距离几何方法 分子动力学方法 基于遗传算法的构象分析方法 、 、 、 、 、 蛋白质结构的预测 …………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… ……………………………………………………… ………………………………………………………………… 　 同源模建 、 、Ｍｏｄｅｌｅｒ 、 反相折叠方法 从头折叠方法 、 ……………………………………………………………………………… 一个简单而有效的蛋白质模建方法 ……………………………… ………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………
    参考文献 　　 …………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… ………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… …………………………………………………………………… …………………………………………………………… …………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… 算法 …………………………………………………………………… ………………………………………………………………… …………………………………………………………………… …………………………………………………………… ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………… ……………………………………………………………………… 第六章 　 第一节 第二节 第三节 　 分子动力学 积分方法 初始化 粒子受力的求算 　 　 　 　 　　 　　 　　 　 键伸缩能 键角弯折能 二面角扭转能 非键相互作用能 、 、 、 一 二 三 四 边界条件 　 周期性边界条件 非周期性边界条件 　　 、 第四节 　 一 二 　　 、 　　 、 第五节 　 非键相互作用能的处理 一 二 三 四 　　 　　 　　 　　 、 　 截断值方法 方法 、ＦＭＭ 、ＢａｒｎｅｓＨｕｔｓ 、 第六节 第七节 　 　 　 周期性边界条件方法 约束条件动力学 恒温和恒压分子动力学 　 恒温分子动力学 恒压分子动力学 分子动力学轨迹分析 一 二 　　 、 　　 、 第八节 　 　 静态热力学性质 相关函数 迁移特性 、 、 一 二 三 参考文献 、 　　 　　 　　 　　 ……………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 第七章 溶剂效应 ……………………………………………………………………………… 　 显示溶剂模型 连续介质模型 　 表面加和模型 泊松 玻耳兹曼模型 　 第一节 第二节 　 　  、ＧＢ／ＳＡ 、 、 、 一 二 三 四 五 六 、ＳＭｘ 参考文献 、 　　 　　 　　 　　 　　 　　 　　 ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ………………………………………………………………… 模型 ………………………………………………………………………… 模型多级矩展开方法 极化的连续介质模型 系列溶剂化模型 ………………………………………………………………… ………………………………………………………………… ……………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 第八章 　 结合自由能计算 ……………………………………………………………………… １６２ １６４ １６５ １６７ １６９ １６９ １７０ １７１ １７２ １７３ １７３ １７４ １７５ １７５ １７７ １８０ １８１ １８６ １８８ １８８ １８８ １８９ １９０ １９４ １９５ １９５ １９７ １９８ １９９ １９９ ２０２ ２０８ ２１３ ２１３ ２１５ ２１６ ２１８
    第一节 引言 　 　　 　　 、 、 　 熵增加原理和 配体结合的亲和力 受体 自由能计算方法的分类 Ｇｉｂｂｓ  一 二 三 自由能 　　 、 第二节 　 、 、 一 二 三 　 自由能微扰方法 热力学积分方法 ……………………………………………………………………………… ………………………………………………………… …………………………………………………………… ……………………………………………………………… 自由能微扰和热力学积分方法 …………………………………………………… ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… 、ＦＥＰ 和 在药物设计中的应用 基于主方程的自由能计算方法 ＴＩ 第三节 　 一 二 三 、ＭＭ／ＰＢＳＡ 、ＭＭ／ＰＢＳＡ 、ＭＭ／ＰＢＳＡ 方法的原理 方法的应用 方法的发展和完善 基于经验方程的自由能预测 第四节 …………………………………………………… …………………………………………………… …………………………………………………………… …………………………………………………………… …………………………………………………… ……………………………………………………… 的自由能预测模型 …………………………………………………………… 的自由能预测模型 ……………………………………………………… 　 一 二 三 、Ｂｈｍ 、Ｅｌｄｒｅｄｇｅ 、Ｈｅａｄ 第五节 　ＬＩＥ 一 、ＬＩＥ 二 、ＬＩＥ 三 、ＬＩＥ 参考文献 的自由能预测模型 方法 方法的原理 方法的应用 方法的前景和缺陷 …………………………………………………………… …………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… 　　 　　 　　 　 　　 　　 　　 　 　　 　　 　　 　 　　 　　 　　 　　 一 二 三 一 二 三 一 二 三 四 　　 　　 　　 　　 　　 　　 第九章 　 第一节 　 　 定量构效关系方法研究 ……………………………………………………………… 二维定量构效关系方法 ………………………………………………………… 法 　　 　　 、Ｈａｎｓｃｈ 、ＦｒｅｅＷｉｌｓｏｎ 、 第二节 各种参数 　　 　 　　 　　 、 、 　 回归分析 遗传算法 人工神经网络 　　 、 第三节 　 …………………………………………………………………………… 法 ……………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… 建立定量构效关系模型的统计方法 ……………………………………………… ……………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… 三维定量构效关系方法 、 、 、 ３ＤＱＳＡＲ 　 距离几何 分子形状分析 比较分子场分析方法 虚拟受体方法 …………………………………………………………… ………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… ………………………………………………………………… ………………………………………………………………………… 　　 、 第四节 　 的应用 的应用 的应用 　ＱＳＡＲ 一 二 参考文献 、２ＤＱＳＡＲ 、３ＤＱＳＡＲ …………………………………………………………………… …………………………………………………………………… …………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………… ２１８ ２１８ ２２０ ２２３ ２２３ ２２４ ２２６ ２２７ ２２９ ２２９ ２３０ ２３２ ２３４ ２３４ ２３５ ２３６ ２３７ ２３７ ２３９ ２４１ ２４２ ２４６ ２４６ ２４６ ２５０ ２５０ ２６３ ２６３ ２６５ ２６７ ２６８ ２６８ ２７０ ２７２ ２７７ ２８１ ２８１ ２８７ ２８９
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