（转）AtomEye 的一些使用方法 AtomEye 的一些使用方法 下面就是该软件的一些基本使用，翻译成中文仅供初学者使用，英文的原版手册在本帖的附件中。 当前的 Atomeye 支持三种文件格式：PDB，标准 cfg 和扩展 cfg。扩展 cfg 的格式使用的较为方便，我都是 把文件转换成这个格式来用 Atomeye 读取的。 （一） 下载 Atomeye 从往常下载的 Atomeye 文件名都是 A.i686，复制到自己的电脑上时有时会失去可执行的属性，可先进行以 下操 mv A.i686 atomeye //将文件名该为 atomeye（我通常的做法） chmod 755 atomeye //赋予 atomeye 以可执行的属性 执行 Atomeye ./atomeye filename //filename 是需要读取的 cfg 文件名 以 上面得到的 0.bdl.cfg 为例，./atomeye 0.bdl.cfg 敲回车键就可以显示原子图像了。运行后会出现两 个界面，一个是原子图像的界面，另一个是操作符界面。把原子图像的窗口最大化后，可以想 VMD 一样用 鼠标拖拉产生旋转，看 Atomeye 似乎更适合用键盘的快捷键。因此，除了用鼠标点击原子图像和操作符界 面以切换窗口外，个人建议尽量少用鼠 标来完成操作。 （二）对原子图像的操作： Atomeye 的图像并不像 VMD 有坐标轴的标识，初始的图像默认的坐标系为横向 x 轴，纵向 y 轴，透视方向 z 轴： (1) 透视的立体图与平面图的转换：按 Tab 键 (2) 图像的整体旋转：按方向键↑↓←→即可 (3) 原子半径的放大与缩小：按 PageUp 和 PageDown 键 (4) 图像的平移：同时按 Ctrl 加方向键（↑↓←→） (5) 图像在平面内的旋转： 同时按 Shift 加方向键 (6) 图像的整体放大与缩小，这个用鼠标的滑轮比较方便，也可以在立体图下用 Ctrl+Shift+↑(或↓)组合键 来控制 

注 意：对于上面(2)－(6)类似的操作存在着一个幅度的问题，比如每按一次方向键究竟旋转了多少度，怎 么控制幅度？实际上幅值是通过键盘上的 1－9 数字来 控制的，在进行旋转之前可以先按一个数字键，比 如按数字 4，再按方向键则每一次旋转都是 40°。因此如果想旋转 90°，从垂直于 z 的方向看垂直于 x 的 方 向，需先按数字键 9，再按方向键←。此外，需说明的是控制幅值的数字键 1－9 并不仅仅是针对旋转 操作的，他们的作用是对任何操作（包括后面要用到的调整 CNA 分析的门槛值）起一个加速和减速的目的， 以上仅是举一个旋转操作的例子说明。 （三）Atomeye 的颜色模式支持： 除 了设定 x，y，z 三个坐标的数据用来显示原子图像，atomeye 还可以在 cfg 文件中加入原子的其他信息 的参数值（如能量，应力状态等），这些参数值的 相对大小可以用不同的颜色来区分，即颜色模式。Atomeye 在处理的时候，会找出该信息的最大和最小值，中间的数值对最值有一个相对的大小。最大值用红 色表示， 最小值用蓝色表示，中间值就是中间的过渡颜色。 按 Alt＋数字键就会转到该信息的颜色模式下 （四）保存图片 Atomeye 可以将原子图像保存成 jpg，png 以及 eps 格式的图片。以 jpg 文件说明， 在原子图像的窗口下，按 j 键，这时在字符窗口中出现提示 Save screen on (1.bdl.jpg 256): 只要输入保存的图片名称再按回车就可以了，例如输入 1.bdl.jpg 如果是在经过 Alt+数字键转到了颜色模式下，再输入完保存的图片名按回车后，会接着有提示要求保存色 带， Save colormap on (1.bdl.jpg.cmap.eps): 接着按回车就可以了，但保存的色带是 eps 格式，linux 下有支持的插件可以直接查看，在 window 下可以 用 photoshop 来看。 atomeye 下载 可以前往右边页面下载：http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/#download          i686 Linux Alpha Linux GLIBC2.1 Sgi Irix Sgi Irix64 Sun Solaris HP UX Windows with Cygwin / X (README.txt) Alpha Tru64 UNIX Mac OS X (v10.4 and before, v10.5 “Leopard”) with Darwin (see A, B, C for button issues) 

atomeye 会打开如下图所示： atomeye 常用命令 atomeye 的功能很强大，这里只列举部分常用功能。 快捷键 F10 B D F I J K L O P Q U Y , TAB Insert/Delete Home/End Pageup/PageDown 功能描述 重新加载当前文件 切换是否显示键 改变背景颜色 根据原子 ID 查找并显示原子信息 调整模拟盒子边框显示模式 jpg 格式截图 根据原子坐标关系对原子上色 切换到正常的原子颜色 切换到最初的原子颜色（对个别原子改变颜色后） png 格式截图 退出窗口 将视图放正 自动连续产生图片 显示过去单击的两个原子间的距离 一般视图与透视图切换 显示下一个文件 增加/减少键半径 增加/减少原子半径 

Right/Left/Up/Down Ctrl+Insert/Delete Ctrl+Left-click Ctrl+Shift+Left-click Ctrl+Right/Left/Up/Down Ctrl+Shift+Up/Down Shift+Up/Down Shift+Left/Right Shift+[0-9,a-f] Shift+CapsLockOn+[0-9,a-f] 绕轴旋转 显示第一个/最后一个文件 改变选中一个原子/键的颜色/半径 改变选中一类原子/键的颜色/半径 平面内移动视图 放大/缩小视图 平面内顺时针/逆时针旋转视图 向前/向后推进截平面 创建截平面 删除截平面 CapsLockon+Right/Left/Up/Down 在周期性边界条件下移动对象