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发布时间：2022-06-02 发布人：admin 分类：说明书资料大小：0.94M 资料格式：pdf 举报版权申诉

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magpar - Parallel Finite Element Micromagnetics Package

Documentation

License

Acknowledgment

Introduction

Features

ChangeLog

Structure

Diagrams

Main program

Initialization

Serial part

Parallel part

Solution loop

Field and energy calculation

Energy minimization

LLG time integration

Finalizing

GridData: Global data structure

Performance

Supported Machines

Required Software

BLAS/LAPACK

MPI

SUNDIALS

PETSc

Optional Packages

ParMETIS

TAO

zlib

libpng

hypre

SuperLU

Licenses

magpar

Atlas

LAPACK

MPI

ParMetis

SUNDIALS

PETSc

TAO

zlib

libpng

GNU General Public License

Installation

Configuration

Automated Installation

Manual Installation

ATLAS

LAPACK

MPI

MPICH2

ParMetis

SUNDIALS

PETSc

TAO

zlib

libpng

magpar

Makefile system

Makefile

Makefile.in

Makefile.in.defaults

Makefile.in.host_debian

Makefile.in.host_oldlibs

Makefile.files

Makefile.libs

FAQ

Successful installations

64-bit Linux

Solution 1

Solution 2

Intel compilers

Apple Macintosh running Mac OS X

Solution 1

Solution 2

Optimized BLAS libraries

Precompiled packages on Ubuntu/Debian

Compiling LAPACK on RedHat9 exits with an error

PETSc does not compile on RedHat 6.2 with BOPT=g_c++ or BOPT=O_c++

DEC/Compaq/hp Alpha machines running OSF/1, Tru64

Problems linking various libraries with `¨ar`¨

Problems with snprintf

Compiling ParMetis

Compiling SUNDIALS version 2.1

Compiling SUNDIALS version 1.0

Compiling PETSc 2.3.0

Compiling PETSc 2.2.1 and earlier

Compiling libpng

Compiling magpar

magpar crashes with a segmentation violation

Single precision arithmetics

Single processor version without MPI

ParMetis

SUNDIALS

PETSc

Compiling magpar in Cygwin for Windows

Compiling magpar using the MinGW compilers in Cygwin

Running magpar on Windows

Graphical User Interface for Windows

Installing Python

Additional solvers and libraries for PETSc

hypre

SuperLU

Links to other FAQs, troubleshooting guides

What is `¨magpar`¨ worth (at least ;-) ?

Other micromagnetics software

Installation of old library versions

MPICH1

LAM/MPI

How does boundary matrix size scale with mesh length?

Interpolating in a tetrahedral mesh with barycentric coordinates

Preprocessing

Gmsh

Optimizing meshes

Command-line meshing

NETGEN

Salome

GiD

MSC.Patran

Input Files for Simulations

allopt.txt: simulation parameters

project.krn: material properties

project.kst: magnetoelastic properties

project.inp, project.out: finite element mesh

project.0001.inp: initial magnetization distribution

allopt.txt

allopt_log.txt

allopt_ret.txt

Output Files of Simulations

project.INP.X.png

project.INP.d

project.INP.datmsh

project.INP.fedat

node data

element data

project.INP.felog

project.INP.femsh

project.INP.gz

project.INP.inp

project.log

project.log_pvode

project.log_PID

stdout

project.9999.

Examples

Download

Sphere

sphere_demag: Demagnetizing field

sphere_larmor: Larmor precession

sphere_sw: Stoner-Wohlfarth behavior

sphere_cubic: Single domain particle with cubic anisotropy

iface: Domain wall pinning

mumag3: mumag standard problem #3

mumag3b: mumag standard problem #3 with 2 cubes

nanodot: Nanodot

nanodot_demag: Nanodot demag energy

stress: Magnetoelastic effects on domain structure

thinfilm: Thin magnetic film

Running a simulation in parallel

Postprocessing

PNG files

Sampling Line

Log File

UCD/inp Files

Visualization Tools

Grace

gnuplot

ParaView

Mayavi

OpenDX

MicroAVS

AVS

GiD

Tools

gmsh: gmshtoucd.py

gmsh: msh2inp.awk

ngtoucd.py

vtk tools

opendx: converter, visual program

shutil: shell scripts

gid: GiD inp problem type

Publications

Programming, Debugging, Bug Reporting

General programming guidelines

Debugging

Guidelines for bug reports

Directory Hierarchy

Directories

Data Structure Index

Data Structures

Directory Documentation

emini/ Directory Reference

field/ Directory Reference

tools/gmsh/ Directory Reference

init/ Directory Reference

io/ Directory Reference

llg/ Directory Reference

tools/ngtoucd/ Directory Reference

png/ Directory Reference

pytools/ Directory Reference

tools/ Directory Reference

util/ Directory Reference

Data Structure Documentation

GridData Struct Reference

Field Documentation

bndfacvert

Edem

Eexchani

Eext

elel2g

elenewproc

elenmax

eleprop

elevert

elevol

equil

escale

Etot

hscale

inp

lenscale

ln_bnd_fac

ln_ele

ln_vert

mode

n_bnd_fac

n_ele

n_prop

n_vert

n_vert_bnd

propdat

simname

time

totvol

tscale

vequil

vertbndg2bnd

vertl2g

vertnewproc

vertprop

vertvol

vertxyz

VHdem

VHexchani

VHext

VHtot

VMs3

magpar_scripts::Line Class Reference

magpar_scripts::Polygon Class Reference

magpar_scripts::Segment Class Reference

magpar_scripts::Test_external_field_wire Class Reference

magpar_scripts::TestBiotSavart Class Reference

magpar_scripts::TestLineClass Class Reference

magpar_scripts::TestPolygonClass Class Reference

magpar_scripts::TestVectorClass Class Reference

magpar_scripts::Vector Class Reference

Detailed Description

magpar version 0.9 build 3061M Generated by Doxygen 1.6.3 Tue Apr 20 11:54:17 2010

Contents 1 magpar - Parallel Finite Element Micromagnetics Package 1.1 Documentation . 1.2 License . . 1.3 Acknowledgment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 Introduction 3 Features 4 ChangeLog 5 Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.4 Solution loop . Initialization . 5.3.1 5.3.2 5.1 Diagrams . 5.2 Main program . 5.3 . . . . . . . Serial part . . Parallel part . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.4.1 Field and energy calculation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.4.2 Energy minimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.4.3 LLG time integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.5 Finalizing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.6 GridData: Global data structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 Performance 7 Supported Machines 8 Required Software 8.1 BLAS/LAPACK . . 8.2 MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 2 2 3 5 7 15 16 16 17 17 17 17 18 18 18 18 18 19 23 25 26 26

ii CONTENTS . . . . . . . 8.3 SUNDIALS . . 8.4 PETSc . . 8.5 Optional Packages . 8.6 ParMETIS . . . . . . . . . 8.6.1 TAO . . zlib . 8.6.2 . . libpng . 8.6.3 . 8.6.4 hypre . . SuperLU . 8.6.5 . 8.7 Copyright . . . . 9 Licenses . . . . . 9.1 magpar . . 9.2 Atlas . . . 9.3 LAPACK . . . 9.4 MPI . . 9.5 ParMetis . . . 9.6 SUNDIALS . 9.7 PETSc . . . . 9.8 TAO . . 9.9 zlib . . 9.10 libpng . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 GNU General Public License 11 Installation . . . . . . . . . . . . . . 11.1 Conﬁguration . . 11.2 Automated Installation . 11.3 Manual Installation . . . . 11.4 ATLAS . . . . 11.5 LAPACK . 11.6 MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.6.1 MPICH2 . . . . . . . 11.7 ParMetis . 11.8 SUNDIALS . . 11.9 PETSc . 11.10TAO . . . . . 11.11zlib . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 26 27 27 27 27 27 27 27 28 29 30 30 30 30 30 31 32 32 33 33 35 41 42 43 43 43 44 45 45 45 46 46 47 47 Generated on Tue Apr 20 11:54:17 2010 for magpar by Doxygen

CONTENTS 11.12libpng . 11.13magpar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 Makeﬁle system . . . 12.1 Makeﬁle . . 12.2 Makeﬁle.in . . 12.3 Makeﬁle.in.defaults . . 12.4 Makeﬁle.in.host_debian . 12.5 Makeﬁle.in.host_oldlibs . 12.6 Makeﬁle.ﬁles . 12.7 Makeﬁle.libs . . . . . . . . . . 13 FAQ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.4.1 Solution 1 . 13.4.2 Solution 2 . . 13.2.1 Solution 1 . 13.2.2 Solution 2 . . 13.1 Successful installations . . 13.2 64-bit Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.3 Intel compilers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.4 Apple Macintosh running Mac OS X . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.5 Optimized BLAS libraries 13.6 Precompiled packages on Ubuntu/Debian . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.7 Compiling LAPACK on RedHat9 exits with an error . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.8 PETSc does not compile on RedHat 6.2 with BOPT=g_c++ or BOPT=O_c++ . . . . . . . 13.9 DEC/Compaq/hp Alpha machines running OSF/1, Tru64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.1 Problems linking various libraries with "ar" . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.2 Problems with snprintf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.3 Compiling ParMetis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.4 Compiling SUNDIALS version 2.1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.5 Compiling SUNDIALS version 1.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.6 Compiling PETSc 2.3.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.7 Compiling PETSc 2.2.1 and earlier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.9.8 Compiling libpng . 13.9.9 Compiling magpar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.10magpar crashes with a segmentation violation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.11Single precision arithmetics . . . Generated on Tue Apr 20 11:54:17 2010 for magpar by Doxygen iii 47 48 49 50 51 53 56 57 57 60 71 72 74 74 74 75 75 76 76 77 78 78 79 79 79 79 80 80 80 81 81 81 81 82 82

iv CONTENTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.12Single processor version without MPI . 13.12.1 ParMetis 13.12.2 SUNDIALS . 13.12.3 PETSc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.13Compiling magpar in Cygwin for Windows 13.14Compiling magpar using the MinGW compilers in Cygwin . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.15Running magpar on Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.16Graphical User Interface for Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.17Installing Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.18Additional solvers and libraries for PETSc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.19Links to other FAQs, troubleshooting guides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.20What is "magpar" worth (at least ;-) ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.21Other micromagnetics software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.22Installation of old library versions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.23How does boundary matrix size scale with mesh length? 13.24Interpolating in a tetrahedral mesh with barycentric coordinates . . . . . . . . . . . . . . . 13.18.1 hypre . . 13.18.2 SuperLU . 13.22.1 MPICH1 . 13.22.2 LAM/MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 Preprocessing 14.1 Gmsh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.1.1 Optimizing meshes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.1.2 Command-line meshing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.2 NETGEN . . . 14.3 Salome . 14.4 GiD . . 14.5 MSC.Patran . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 83 83 83 83 84 86 87 88 88 88 89 89 89 89 90 90 90 90 91 93 94 95 95 96 96 96 98 15 Input Files for Simulations 99 15.1 allopt.txt: simulation parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 15.2 project.krn: material properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 15.3 project.kst: magnetoelastic properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 15.4 project.inp, project.out: ﬁnite element mesh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 15.5 project.0001.inp: initial magnetization distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 16 allopt.txt 103 Generated on Tue Apr 20 11:54:17 2010 for magpar by Doxygen

CONTENTS . 16.1 allopt.txt . . 16.2 allopt_log.txt 16.3 allopt_ret.txt . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.1 project.INP.X.png . 17.2 project.INP.d . . . 17.3 project.INP.datmsh . . 17.4 project.INP.fedat . 17 Output Files of Simulations . . . . . . . . . . . . . . . . 17.4.1 node data . 17.4.2 element data 17.5 project.INP.felog . 17.6 project.INP.femsh . 17.7 project.INP.gz . . . . 17.8 project.INP.inp . 17.9 project.log . . . 17.10project.log_pvode . . 17.11project.log_PID . . 17.12stdout . . . 17.13project.9999.∗ . . . . . . . . . . . . . . . . . v . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 117 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18.1 Download . . 18.2 Sphere . 123 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 18.2.1 sphere_demag: Demagnetizing ﬁeld . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125 18.2.2 sphere_larmor: Larmor precession . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 18.2.3 sphere_sw: Stoner-Wohlfarth behavior . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 18.2.4 sphere_cubic: Single domain particle with cubic anisotropy . . . . . . . . . . . . 128 18.3 iface: Domain wall pinning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 18.4 mumag3: mumag standard problem #3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 18.5 mumag3b: mumag standard problem #3 with 2 cubes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 18.6 nanodot: Nanodot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 18.7 nanodot_demag: Nanodot demag energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 18.8 stress: Magnetoelastic effects on domain structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 18.9 thinﬁlm: Thin magnetic ﬁlm . 18.10Running a simulation in parallel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 . . . . . 19 Postprocessing 137 Generated on Tue Apr 20 11:54:17 2010 for magpar by Doxygen

vi CONTENTS . . . . . . . . . . . . . 19.1 PNG ﬁles . . 19.2 Sampling Line . . 19.3 Log File . . 19.4 UCD/inp Files . . 19.5 Visualization Tools . . . 19.5.1 Grace . . 19.5.2 gnuplot . . 19.5.3 ParaView . . 19.5.4 Mayavi . . 19.5.5 OpenDX . 19.5.6 MicroAVS . . 19.5.7 AVS . 19.5.8 GiD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 20 Tools 141 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 20.1 gmsh: gmshtoucd.py . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 20.2 gmsh: msh2inp.awk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 . . 20.3 ngtoucd.py . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 20.4 vtk tools . . . . 20.5 opendx: converter, visual program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 . 20.6 shutil: shell scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 20.7 gid: GiD inp problem type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Publications 145 22 Programming, Debugging, Bug Reporting 159 22.1 General programming guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161 22.2 Debugging . . 22.3 Guidelines for bug reports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161 . . . . . . . . . 23 Directory Hierarchy . 23.1 Directories . . 163 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 . . . . . . . 24 Data Structure Index 24.1 Data Structures . 165 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 . . . . . . 25 Directory Documentation 25.1 emini/ Directory Reference . . 25.2 ﬁeld/ Directory Reference . 167 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168 Generated on Tue Apr 20 11:54:17 2010 for magpar by Doxygen

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