16s分析模板.pdf-资料库

项目类型：微生物 16S rDNA 测序合同编号：客户姓名：完成时间：

目录一．项目信息 ........................................................................................................................... 4 1. 合同信息 .................................................................................................................................... 4 2. 生物信息分析内容 .................................................................................................................... 4 二． 16S RDNA 测序服务介绍 ............................................................................................... 5 三．样本的抽提与质检 ............................................................................................................ 7 1. DNA 的抽提与质检 .................................................................................................................. 7 2. DNA 质检结果 .......................................................................................................................... 7 四．测序实验 ........................................................................................................................... 8 1. 实验流程 .................................................................................................................................... 8 2. 测序实验所用仪器、试剂表 .................................................................................................... 9 3. 测序文库构建 ............................................................................................................................ 9 4. 上机测序 .................................................................................................................................. 11 5. 测序结果质控情况 .................................................................................................................. 11 五．数据分析路线 .................................................................................................................. 12 1. 分析流程图 .............................................................................................................................. 12 2. 分析内容 .................................................................................................................................. 13 3. 样品分组信息 .......................................................................................................................... 13 六．序列预处理、分布统计、质量评估 ................................................................................ 14 1. 测序序列格式展示 .................................................................................................................. 14 2. 序列质量统计 .......................................................................................................................... 15 3. 序列长度及分布统计 .............................................................................................................. 16 4. 数据预处理 .............................................................................................................................. 17 5. 有效序列统计 .......................................................................................................................... 17 七． OTU 聚类及丰度分析 ..................................................................................................... 19 1. OTU 生成 ................................................................................................................................ 19 2. OTU 分类学统计 .................................................................................................................... 20 3. 稀疏性曲线 .............................................................................................................................. 20 地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 2 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

4. 5. SHANNON-WIENER 曲线 ......................................................................................................... 21 RANKABUNDANCE 曲线 .......................................................................................................... 22 八．物种分类及样本间差异比较 ........................................................................................... 24 1. 单样本物种分类 ...................................................................................................................... 24 2. 多样品物种分类 ...................................................................................................................... 24 3. 样本间 OTU 分布差异 VENN 图 ............................................................................................ 25 4. OTU 及物种丰度分布 HEATMAP 图 ....................................................................................... 26 5. 主成分分析 PCA 图 ................................................................................................................ 28 6. 组间显著性差异 METASTATS 分析 .......................................................................................... 29 九．群落结构 ......................................................................................................................... 30 1. 群落相似度比较 ...................................................................................................................... 30 2. 群落相似度 PCOA 分析 ......................................................................................................... 33 3. 组间差异 NMDS 分析 ........................................................................................................... 34 4. 组间进化差异 UNIFRAC 显著性分析 ...................................................................................... 35 5. RDA/CCA 分析 ....................................................................................................................... 36 6. 进化树的构建 .......................................................................................................................... 38 7. 种类分级的进化树构建 .......................................................................................................... 39 十．报告文件结构 .................................................................................................................. 40 十一．参考文献 ......................................................................................................................... 41 地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 3 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

一．项目信息 1. 合同信息合同编号客户姓名客户单位联系邮箱测序信息样品数量 2. 生物信息分析内容基础分析 1、原始数据处理 2、数据过滤及统计 3、BoxPlot 图评估数据质量 4、序列质量统计 5、序列长度及分布统计 6、有效序列统计 7、OTU 聚类及丰度分析 8、物种分类及样本间差异比较 9、群落结构分析 √ √ √ √ √ √ √ √ √ 高级分析 1、 2、 3、地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 4 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

二． 16S rDNA 测序服务介绍宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组学是以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，通过现代基因组技术手段对环境中微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及环境之间的关系进行研究的新的微生物研究方法。目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需分离环境中各种微生物，也无需构建克隆文库就可以直接对环境中所有微生物进行测序。可以真实客观的反映环境中微生物的多样性、种群结构、进化关系等。 16S rDNA 为编码原核生物核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列，是最为常用的细菌系统发育和分类鉴定的标签，16S rDNA 测序是指选择某个或某几个变异区域，选择通用引物对环境样品（土壤、海洋、淡水、肠道等）微生物进行 PCR 扩增，然后对 PCR 产物进行高通量测序，并将得到的测序数据与已有的 16S rDNA 数据库进行比对分析，从而对环境群落多样性进行研究（包括微生物的种类，不同种类间的相对丰度等）。16S rDNA 的序列碱基变异情况如图（Figure 2.1）所示： Figure2.1 16S rDNA 序列结构上图对 1000 多种细菌进行了碱基变异情况的统计，可见：恒定区和可变区的定义是相对的。恒定区也只是相对恒定，可变区只是比恒定区的变异大，从 V1 到 V9 的变异中可以看出 V1,V3,V6 区变异最大。为了更好的使用 16S 的这些特征，对 16S rDNA 的序列进行简化，如图（Figure 2.2）所示。考虑到测序平台的读长限制，目前测序最常用的是 V3，V3-V4 和 V6 区。地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 5 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

Figure2.2 16S rDNA 序列结构地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 6 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

三．样本的抽提与质检 1. DNA 的抽提与质检不同来源的样本使用相对应的试剂盒进行基因组DNA抽提，抽提所得DNA经采用 Qubit2.0和0.8%琼脂糖凝胶电泳进行质检。质检合格的DNA可进行后续的测序实验。 2. DNA 质检结果 No. /序号 Sample Name Con. /样本名称 /浓度(ng/μL) A260 /A280 A260 /A230 Vol. Total /体积(μL) /总量(μg) Result /结果 1 2 3 Table 2.1 DNA 质检结果 DNA 质控标准及说明：  电泳必须有一条>10kb 的主带  无降解（主带下无明显弥散带）样品质检情况 Status 说明： a) 对于部分降解的样品，会对测序结果有一定的影响，是否继续进行实验由客户根据样品的珍贵程度决定。如选择继续实验，会有一定的失败率，请客户书面确认。 b) 关于样品的总量，一般需要纯化后至少200ng。友情提示：自实验完成之日（2014 年月日）起，剩余样品保存期为三个月，如需取回请注意时限并及时和本项目销售工程师联系，确认样本返回的细节（是否快递，费用等），超时本公司将作为无主样品按照生物安全法规及时销毁。地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 7 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

四．测序实验本项目共有个合格样本，需要完成个样本的16S测序实验。客户要求为单端/双端测序，读长200/250/300nt。测序仪选用PGM或Miseq测序。 1. 实验流程 Figure 4.1 实验流程地址：上海市张江高科技园区李冰路 151 号（201203）电话：021‐51320288 传真：021‐51320266 8 / 42 技术服务热线：800‐820‐5086 / 400‐880‐5086 技术服务网站：http://www.ebioservice.com

资料库

16s分析模板.pdf

相关推荐

信息化

热门标签

最新资料