Beginning Perl for Bioinformatics 汉化.pdf

发布时间：2022-06-15 发布人：admin 分类：说明书资料大小：2.99M 资料格式：pdf 举报版权申诉

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1 生物学和计算机科学

1.1 DNA的组成

1.2 蛋白质的组成

1.3 In Silico

1.4 计算的局限

2 Perl语言入门

2.1 低而长的学习曲线

2.2 Perl的优势

2.2.1 易于编程

2.2.2 快速原型

2.2.3 可移植性，速度和程序维护

2.2.4 Perl的版本

2.3 在你的计算机中安装Perl

2.3.1 也许Perl已经安装上了！

2.3.2 没有网络可用？

2.3.3 下载

2.3.4 二进制 vs. 源代码

2.3.5 安装

2.4 如何运行Perl程序

2.4.1 Unix或Linux

2.4.2 Macs

2.4.3 Windows

2.5 文本编辑器

2.6 寻求帮助

3 编程的艺术

3.1 学习编程的不同方法

3.2 编辑-运行-修正（还有保存）

3.2.1 保存和备份

3.2.2 错误信息

3.2.3 调试

3.3 编程文化

3.3.1 开源程序

3.4 编程策略

3.5 编程过程

3.5.1 构思阶段

3.5.2 算法

3.5.3 伪代码和代码

3.5.4 注释

4 序列和字符串

4.1 序列数据的表征

4.2 存储DNA序列的程序

4.2.1 控制流

4.2.2 再说注释

4.2.3 命令解释

4.2.4 语句

4.3 连接DNA片段

4.4 转录：从DNA到RNA

4.5 使用Perl文档

4.6 在Perl中计算反向互补

4.7 蛋白质，文件和数组

4.8 从文件中读取蛋白质序列数据

4.9 数组

4.10 标量上下文和列表上下文

4.11 练习题

5 基序和循环

5.1 流程控制

5.1.1 条件语句

5.1.2 循环

5.2 代码布局

5.3 查找基序

5.3.1 获取用户的键盘输入

5.3.2 使用join把数组合并成标量

5.3.3 do-until循环

5.3.4 正则表达式

5.4 计数核苷酸

5.5 把字符串拆解成数组

5.6 操作字符串

5.7 写入文件

5.8 练习题

6 子程序和Bugs

6.1 子程序

6.1.1 子程序的优势

6.1.2 编写子程序

6.2 作用域和子程序

6.2.1 参数

6.2.2 作用域

6.3 命令行参数和数组

6.4 传递数据给子程序

6.4.1 子程序：通过值传递

6.4.2 子程序：通过引用传递

6.5 模块和子程序库

6.6 修复代码中的Bugs

6.6.1 use warnings;和use strict;

6.6.2 使用注释和Print语句修复Bugs

6.6.3 Perl调试器

6.7 练习题

7 突变和随机化

7.1 随机数生成器

7.2 使用随机化的一个程序

7.2.1 为随机数生成器设置种子

7.2.2 控制流

7.2.3 造句

7.2.4 随机选取数组的一个元素

7.2.5 格式化

7.2.6 计算随机位置的另一种方法

7.3 模拟DNA突变的程序

7.3.1 伪代码设计

7.3.2 改进设计

7.3.3 组合子程序来模拟突变

7.3.4 程序中的一个Bug？

7.4 生成随机DNA

7.4.1 自下而上 vs. 自上而下

7.4.2 生成一系列随机DNA的子程序

7.4.3 把设计变成代码

7.5 分析DNA

7.5.1 关于代码的一些注释

7.6 练习题

8 遗传密码

8.1 散列

8.2 生物学的数据结构和算法

8.2.1 基因表达数据库

8.2.2 使用未排序数组的基因表达数据

8.2.3 使用排序数组和折半查找的基因表达数据

8.2.4 使用散列的基因表达数据

8.2.5 关系数据库

8.2.6 DBM

8.3 遗传密码

8.3.1 背景

8.3.2 把密码子翻译成氨基酸

8.3.3 遗传密码的冗余性

8.3.4 使用散列表示遗传密码

8.4 把DNA翻译成蛋白质

8.5 从文件中读取FASTA格式的DNA

8.5.1 FASTA格式

8.5.2 读取FASTA文件的设计

8.5.3 读取FASTA文件的子程序

8.5.4 输出格式化的序列数据

8.5.5 读入DNA输出蛋白质的主程序

8.6 阅读框

8.6.1 什么是阅读框？

8.6.2 翻译阅读框

8.7 练习题

9 限制酶图谱和正则表达式

9.1 正则表达式

9.2 限制酶切图谱和限制性内切酶

9.2.1 背景

9.2.2 程序规划

9.2.3 限制性内切酶数据

9.2.4 逻辑操作符和范围操作符

9.2.5 寻找限制性内切位点

9.3 Perl的操作

9.3.1 运算和括号的优先级

9.4 练习题

10 GenBank

10.1 GenBank文件

10.2 GenBank库

10.3 分割序列和注释

10.3.1 使用数组

10.3.2 使用标量

10.4 解析注释

10.4.1 使用数组

10.4.2 何时使用正则表达式

10.4.3 主程序

10.4.4 在顶层解析注释

10.4.5 解析FEATURES表

10.5 使用DBM对GenBank进行索引

10.5.1 DBM基础

10.5.2 一个用于GenBank的DBM数据库

10.6 练习题

11 PDB

11.1 PDB概述

11.2 文件和文件夹

11.2.1 打开目录

11.2.2 递归

11.2.3 处理大量文件

11.3 PDB文件

11.3.1 PDB文件格式

11.3.2 SEQRES

11.4 解析PDB文件

11.4.1 提取一级序列

11.4.2 查找原子坐标

11.5 控制其他程序

11.5.1 Stride二级结构预测器

11.5.2 解析Stride的输出

11.6 练习题

12 BLAST

12.1 获取BLAST

12.2 字符串匹配和同源

12.3 BLAST输出文件

12.4 解析BLAST输出

12.4.1 提取注释和比对

12.4.2 解析BLAST比对

12.5 呈现数据

12.5.1 printf函数

12.5.2 here文档

12.5.3 format和write

12.6 BioPerl

12.6.1 示例模块

12.6.2 BioPerl指南脚本

12.7 练习题

13 进阶主题

13.1 程序涉及的艺术

13.2 网页编程

13.3 算法和序列比对

13.4 面向对象编程

13.5 Perl模块

13.5.1 BioPerl

13.6 复杂的数据结构

13.7 关系数据库

13.8 芯片和XML

13.9 图形编程

13.10 网络建模

13.11 DNA计算机

A 资源

A.1 Perl

A.1.1 网站

A.1.2 CPAN（Comprehensive Perl Archive Network）：Perl综合典藏网

A.1.3 FAQs（Frequently Asked Questions）：常见问答集

A.1.4 在线手册

A.1.5 书籍

A.1.6 会议

A.1.7 新闻组

A.2 计算机科学

A.2.1 算法

A.2.2 软件工程

A.2.3 计算机科学理论

A.2.4 通用编程

A.3 Linux

A.4 生物信息学

A.4.1 书籍

A.4.2 政府组织

A.4.3 会议

A.5 分子生物学

B Perl概要

B.1 命令解释

B.2 注释

B.3 标量值和标量变量

B.3.1 字符串

B.3.2 数字

B.3.3 标量变量

B.4 赋值

B.5 语句和块

B.6 数组

B.7 散列

B.8 操作符

B.9 操作符优先级

B.10 基本操作符

B.10.1 算术操作符

B.10.2 位操作符

B.10.3 字符串操作符

B.10.4 文件测试操作符

B.11 条件和逻辑操作符

B.11.1 真和假

B.11.2 逻辑操作符

B.11.3 使用逻辑操作符控制流程

B.11.4 if语句

B.12 绑定操作符

B.13 循环

B.14 输入/输出

B.14.1 从文件获取输入

B.14.2 从STDIN获取输入

B.14.3 从命令行指定的文件中获取输入

B.14.4 输出命令

B.15 正则表达式

B.15.1 概述

B.15.2 元字符

B.15.3 捕获匹配的模式

B.15.4 元符号

B.15.5 扩展正则表达式序列

B.15.6 模式修饰符

B.16 标量和列表上下文

B.17 子程序和模块

B.18 内置函数

前言生物学生物学正和随的的的的和的程序生物学的进基计算机的正的生物学的学科计算和术生物学生物学术语的计算生物学和术语的生物学计算机要生物学术语的的计算机生物学计算机的生物学要的要术语格的和物的基进序和的和术生物学术语生物学生物学的的子的的片的的生进序基的序列和资源进的序列的和的的的遗传进和的进的的的的编程序的序列进和前的进变程序的的序列的的的的子源的程序达的目的的序列和的计算的的生物学题的子生物学

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