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VMD软件教程(分子模拟).pdf
VMD User’s Guide
Version 1.8.7
August 1, 2009
Theoretical and Computational Biophysics Group1
University of Illinois and Beckman Institute
405 N. Mathews
Urbana, IL 61801
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Description
The VMD User’s Guide describes how to run and use the molecular visualization and analysis
program VMD. This guide documents the user interfaces displaying and grapically manipulating
molecules, and describes how to use the scripting interfaces for analysis and to customize the
behavior of VMD.
1http://www.ks.uiuc.edu/
Contents
1 Introduction
9
1.1 Contacting the authors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.2 Registering VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.3 Citation Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.4 Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.5 Copyright and Disclaimer Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.6 For information on our other software
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2 Hardware and Software Requirements
15
2.1 Basic Hardware and Software Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.2 Multi-core CPUs and GPU Acceleration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3 Tutorials
16
3.1 Rapid Introduction to VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.2 Viewing a molecule: Myoglobin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.3 Rendering an Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.4 A Quick Animation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.5 An Introduction to Atom Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.6 Comparing Two Structures
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.7 Some Nice Represenations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.8 Saving your work . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.9 Tracking Script Command Versions of the GUI Actions
. . . . . . . . . . . . . . . . 21
4 Loading A Molecule
23
4.1 Notes on common molecular le formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
4.2 What happens when a le is loaded? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.3 Babel interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.4 Raster3D le format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
5 User Interface Components
26
5.1 Using the Mouse in the Graphics Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
5.1.1 Mouse Modes
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
5.1.2 Pick Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
5.1.3 Hot Keys
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
5.2 Using the Spaceball in the Graphics Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
5.3 Using the Joystick in the Graphics Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Spaceball Driver
5.2.1
2
5.4 Description of each VMD form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.4.1 Main Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.4.2 Main Form Molecule List browser
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.4.3 Main Form Animation Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
5.4.4 Molecule File Browser Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.4.5 Mouse Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
5.4.6 Display Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.4.7 Graphics Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
5.4.8 Labels Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
5.4.9 Color Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
5.4.10 Material Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
5.4.11 Render Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
5.4.12 Tool Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
5.4.13 Simulation Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
5.4.14 Sequence Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
5.4.15 RamaPlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
6 Molecular Drawing Methods
60
6.1 Rendering methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
6.1.1 Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
6.1.2 Bonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
6.1.3 DynamicBonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
6.1.4 HBonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
6.1.5 Points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
6.1.6 VDW . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
6.1.7 CPK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
6.1.8 Licorice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
6.1.9 Polyhedra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
6.1.10 Trace
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
6.1.11 Tube . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
6.1.12 Ribbons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
6.1.13 NewRibbons
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
6.1.14 Cartoon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
6.1.15 NewCartoon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
6.1.16 PaperChain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
6.1.17 Twister
6.1.18 Surf
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
6.1.19 MSMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
6.1.20 VolumeSlice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
6.1.21 Isosurface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
6.1.22 FieldLines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
6.1.23 Orbital
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
6.1.24 Beads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
6.1.25 Dotted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
6.1.26 Solvent
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
6.2 Coloring Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
6.2.1 Color categories
3
6.3 Selection Methods
6.2.2 Coloring Methods
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
6.2.3 Coloring by color categories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
6.2.4 Color scale
6.2.5 Materials
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
6.3.1 Denition of Keywords and Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
6.3.2 Boolean Keywords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
6.3.3
Short Circuiting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
6.3.4 Quoting with Single Quotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
6.3.5 Double Quotes and Regular Expressions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
6.3.6 Comparison selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
6.3.7 Comparison Operators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
6.3.8 Other selections
7 Viewing Modes
85
7.1 Perspective/Orthographic views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
7.2 Monoscopic Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
7.3 Stereoscopic Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
Side-By-Side and Cross-Eyed Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
7.3.1
7.3.2 DTI Side-by-side Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
7.3.3
Scanline Interleaved Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
7.3.4 Anaglyph Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
7.3.5 CrystalEyes Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
7.3.6
Stereo Parameters
8 Scene Export and Rendering
88
8.1 Screen Capture Using Snapshot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
8.2 Higher Quality Rendering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
8.3 Caveats
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
8.4 One Step Printing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
8.5 Making Stereo Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
8.6 Making a Movie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
9 Tcl Text Interface
93
9.1 Using text commands
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
9.2 Tcl/Tk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
9.3 Tcl Text Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
animate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
9.3.1
atomselect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
9.3.2
axes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
9.3.3
color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
9.3.4
colorinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
9.3.5
display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
9.3.6
draw . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
9.3.7
exit
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
9.3.8
9.3.9
graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
9.3.10 gettimestep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
4
9.3.11 help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
9.3.12 imd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
9.3.13 label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
9.3.14 light . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
9.3.15 logle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
9.3.16 material
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
9.3.17 measure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
9.3.18 menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
9.3.19 mol
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
9.3.20 molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
9.3.21 molinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
9.3.22 mouse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
9.3.23 play . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
9.3.24 quit
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
9.3.25 render . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
9.3.26 rock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
9.3.27 rotate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
9.3.28 scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
9.3.29 stage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
9.3.30 tool
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
9.3.31 translate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
9.3.32 user
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
9.3.33 vmdinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
9.3.34 volmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
9.3.35 wait . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
9.3.36 sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
9.4 Tcl callbacks
10 Python Text Interface
135
10.1 Using the Python interpreter within VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
10.2 Python modules within VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
10.3 Atom selections in Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
10.3.1 The built-in atomsel type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
10.3.2 The AtomSel class (DEPRECATED) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
10.3.3 An atom selection example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
10.3.4 Changing the selection and the frame
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
10.3.5 Combining atom selections
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
10.3.6 RMS example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
10.4 Python callbacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
10.4.1 Using Tkinter menus in VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
10.5 Controlling VMD from Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
10.5.1 animate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
10.5.2 axes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
10.5.3 color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
10.5.4 display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
10.5.5 evaltcl
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
10.5.6 graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
5
10.5.7 imd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
10.5.8 label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
10.5.9 material
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
10.5.10 molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
10.5.11 molrep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
10.5.12 render . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
10.5.13 trans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
10.5.14 vmdnumpy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
10.6 High-level Python Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
10.6.1 Molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
10.6.2 MoleculeRep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
10.6.3 Draw Style Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
10.6.4 Saving and Restoring Molecule State . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
11 Vectors and Matrices
158
11.1 Vectors
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
11.2 Matrix routines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
11.3 Multiplying vectors and matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
11.4 Misc. functions and values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
12 Molecular Analysis
166
12.1 Using the molinfo command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
12.2 Using the atomselect command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
12.3 Analysis scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
12.4 RMS Fit and Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
12.4.1 RMS Fit and Alignment Extension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
12.4.2 RMS and scripting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
12.5 VMD Script Commands for Colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
12.5.1 Changing the color scale denitions
. . . . . . . . . . . . . . . 180
12.5.2 Creating a set of black-and-white color denitions
12.5.3 Revert all RGB values to defaults
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
12.5.4 Coloring Trick - Override a Coloring Category . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
13 Customizing VMD Sessions
182
13.1 VMD Command-Line Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
13.2 Environment Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
13.3 Startup Files
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
13.3.1 Core Script Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
13.3.2 User Script Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
13.3.3 .vmdrc and vmd.rc Files
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
13.4 Using VMD as a WWW Client (for chemical/* documents) . . . . . . . . . . . . . . 188
13.4.1 MIME types
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
13.4.2 Setting up your .mailcap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
13.4.3 Example sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
6
List of Figures
3.1 Sample VMD session displaying myoglobin.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.1 The Main form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.2 The Main form animation controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
5.3 The Molecule File Browser form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.4 The Display menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.5 Relationship between screen height (SCRHEIGHT), screen distance to origin (SCRDIST),
and the viewer
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
5.6 The Graphics form (in Draw Style mode)
5.7 The Graphics form (in Selections mode) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
5.8 The Labels form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
5.9 The Color form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
5.10 The Material Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
5.11 The Render form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
5.12 The Tool form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
5.13 The Sequence form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
5.14 The RamaPlot Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
6.1 RGB color scale: the three plots shows the contributions of each color, and the
resulting colors are on the bottom.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
6.2 The shift to the red component of the RGB scale caused by the value of \min". . . . 74
12.1 RMS calculation and alignment extension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
7
List of Tables
5.1 Mouse control hot keys.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
5.2 Rotation & scaling hot keys. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
5.3 Menu control hot keys. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
5.4 Animation hot keys.
5.5 Description of secondary structure codes in the Sequence form.
. . . . . . . . . . . . 56
6.1 Molecular view representation styles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
6.2 Color categories used in VMD.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
6.3 Molecular coloring methods. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
6.4 Available Color Scale Gradations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
6.5 Atom selection keywords.
6.6 Atom selection keywords (continued).
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
6.7 Atom selection functions.
6.8 Read-only atom selection keywords which may be used to query the values of an
underlying volumetric map in the same molecule. The value of N , which can be 0 to
7 inclusively, refers to the volID of the underlying volumetric data (e.g., you could
type interpvol2).
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
6.9 Regular expression methods.
6.10 Regular expression conversions.
8.1 Miscellaneous Rendering Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
8.2 Supported ray tracing formats.
9.1 Summary of core text commands in VMD. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
9.2 On-line Help Sources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
9.3 molinfo set/get keywords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
9.4 Description of Tcl callback variables in VMD. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
10.1 Description of callbacks available to scripts running in the embedded Python inter-
preter.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
8
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