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python-igraph参考.pdf

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Contents
Package igraph
Modules
Functions
Variables
Class Vertex
Methods
Properties
Class Graph
Methods
Properties
Class VertexSeq
Methods
Properties
Class EdgeSeq
Methods
Properties
Class ARPACKOptions
Methods
Properties
Class BFSIter
Methods
Properties
Class Edge
Methods
Properties
Class GraphBase
Methods
Properties
Module igraph._igraph
Functions
Variables
Class InternalError
Methods
Properties
Package igraph.app
Modules
Variables
Module igraph.app.shell
Functions
Variables
Class TerminalController
Methods
Class Variables
Class ProgressBar
Methods
Class Variables
Instance Variables
Class Shell
Methods
Properties
Class IDLEShell
Methods
Properties
Class ConsoleProgressBarMixin
Methods
Properties
Class IPythonShell
Methods
Properties
Class ClassicPythonShell
Methods
Properties
Module igraph.clustering
Functions
Variables
Class Clustering
Methods
Properties
Class VertexClustering
Methods
Properties
Class Dendrogram
Methods
Properties
Class VertexDendrogram
Methods
Properties
Class Cover
Methods
Properties
Class VertexCover
Methods
Properties
Class CohesiveBlocks
Methods
Properties
Module igraph.compat
Variables
Module igraph.configuration
Functions
Variables
Class Configuration
Methods
Properties
Module igraph.cut
Variables
Class Cut
Methods
Properties
Class Flow
Methods
Properties
Module igraph.datatypes
Variables
Class Matrix
Methods
Properties
Class DyadCensus
Methods
Properties
Class TriadCensus
Methods
Properties
Class UniqueIdGenerator
Methods
Properties
Package igraph.drawing
Modules
Functions
Class DefaultGraphDrawer
Methods
Properties
Class BoundingBox
Methods
Properties
Class Point
Methods
Properties
Class Rectangle
Methods
Properties
Class Plot
Methods
Properties
Module igraph.drawing.baseclasses
Variables
Class AbstractDrawer
Methods
Properties
Class AbstractCairoDrawer
Methods
Properties
Class AbstractXMLRPCDrawer
Methods
Properties
Module igraph.drawing.colors
Functions
Variables
Class Palette
Methods
Properties
Class GradientPalette
Methods
Properties
Class AdvancedGradientPalette
Methods
Properties
Class RainbowPalette
Methods
Properties
Class PrecalculatedPalette
Methods
Properties
Class ClusterColoringPalette
Methods
Properties
Module igraph.drawing.coord
Variables
Class CoordinateSystem
Methods
Properties
Class DescartesCoordinateSystem
Methods
Properties
Module igraph.drawing.edge
Class AbstractEdgeDrawer
Methods
Properties
Class ArrowEdgeDrawer
Methods
Properties
Class TaperedEdgeDrawer
Methods
Properties
Class AlphaVaryingEdgeDrawer
Methods
Properties
Class LightToDarkEdgeDrawer
Methods
Properties
Class DarkToLightEdgeDrawer
Methods
Properties
Module igraph.drawing.graph
Class DefaultGraphDrawer
Methods
Properties
Class UbiGraphDrawer
Methods
Properties
Class CytoscapeGraphDrawer
Methods
Properties
Module igraph.drawing.metamagic
Class AttributeSpecification
Methods
Properties
Class AttributeCollectorBase
Methods
Properties
Module igraph.drawing.shapes
Class ShapeDrawerDirectory
Methods
Properties
Class Variables
Module igraph.drawing.text
Class TextAlignment
Methods
Properties
Class Variables
Class TextDrawer
Methods
Properties
Class Variables
Module igraph.drawing.utils
Class Rectangle
Methods
Properties
Class BoundingBox
Methods
Properties
Class FakeModule
Methods
Properties
Class Point
Methods
Properties
Module igraph.drawing.vertex
Class AbstractVertexDrawer
Methods
Properties
Class AbstractCairoVertexDrawer
Methods
Properties
Class DefaultVertexDrawer
Methods
Properties
Module igraph.layout
Variables
Class Layout
Methods
Properties
Module igraph.matching
Variables
Class Matching
Methods
Properties
Package igraph.remote
Modules
Variables
Module igraph.remote.gephi
Class GephiConnection
Methods
Properties
Class GephiGraphStreamingAPIFormat
Methods
Properties
Class GephiGraphStreamer
Methods
Properties
Module igraph.remote.nexus
Variables
Class NexusConnection
Methods
Properties
Module igraph.statistics
Functions
Class FittedPowerLaw
Methods
Properties
Class Histogram
Methods
Properties
Class RunningMean
Methods
Properties
Module igraph.summary'
Class GraphSummary
Methods
Properties
Module igraph.utils
Functions
Variables
Class multidict
Methods
Properties
Class Variables
igraph library API Documentation April 24, 2014 Contents Contents 1 1 Package igraph 1.1 Modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.2 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.3 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.4 Class Vertex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.5 Class Graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.6 Class VertexSeq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.6.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.6.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.7 Class EdgeSeq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.7.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.7.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.8.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.8.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.9 Class BFSIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.9.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.9.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 2 4 5 6 6 11 11 13 84 85 86 92 92 94 97 97 98 98 99 99 99 99 1.10.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 1.10.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 1.11 Class GraphBase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 1.11.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 1.11.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215 1.8 Class ARPACKOptions 1.10 Class Edge 2 Module igraph._igraph 216 2.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216 2.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218 2.3 Class InternalError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 2.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 2.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 1
CONTENTS CONTENTS 3 Package igraph.app 221 3.1 Modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 3.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 Instance Variables 4.6 Class IDLEShell 4 Module igraph.app.shell 4.4 Class ProgressBar 222 4.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222 4.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222 4.3 Class TerminalController . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222 4.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223 4.3.2 Class Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225 4.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225 4.4.2 Class Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226 4.4.3 4.5 Class Shell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226 4.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226 4.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227 4.6.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228 4.6.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228 4.7 Class ConsoleProgressBarMixin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228 4.7.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229 4.7.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229 4.8.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230 4.8.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230 4.9 Class ClassicPythonShell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230 4.9.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231 4.9.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231 4.8 Class IPythonShell 5 Module igraph.clustering 232 5.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234 5.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236 5.3 Class Clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236 5.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237 5.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239 5.4 Class VertexClustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239 5.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240 5.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245 5.5 Class Dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245 5.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246 5.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247 5.6 Class VertexDendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248 5.6.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248 5.6.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249 5.7 Class Cover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250 5.7.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251 5.7.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253 5.8.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253 5.8.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256 5.9 Class CohesiveBlocks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256 5.8 Class VertexCover 2
CONTENTS CONTENTS 5.9.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257 5.9.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259 6 Module igraph.compat 260 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260 6.1 Variables 7 Module igraph.configuration 261 7.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261 7.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262 7.3 Class Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262 7.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264 7.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265 8 Module igraph.cut 267 8.1 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267 8.2 Class Cut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267 8.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269 8.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270 8.3 Class Flow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270 8.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272 8.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273 9 Module igraph.datatypes 9.3 Class DyadCensus 274 9.1 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274 9.2 Class Matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274 9.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275 9.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279 9.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 280 9.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281 9.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282 9.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283 9.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284 9.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285 9.5 Class UniqueIdGenerator 9.4 Class TriadCensus 10 Package igraph.drawing 286 10.1 Modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286 10.2 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288 10.3 Class DefaultGraphDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289 10.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290 10.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291 10.4 Class BoundingBox . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291 10.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292 10.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293 10.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293 10.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 295 10.6 Class Rectangle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 295 10.6.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296 10.6.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 300 10.5 Class Point 3
CONTENTS CONTENTS 10.7 Class Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 301 10.7.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303 10.7.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 305 11 Module igraph.drawing.baseclasses 11.3 Class AbstractCairoDrawer 11.1 Variables 11.2 Class AbstractDrawer 306 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306 11.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306 11.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307 11.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307 11.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307 11.4 Class AbstractXMLRPCDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308 11.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308 11.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309 12 Module igraph.drawing.colors 310 12.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310 12.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313 12.3 Class Palette . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313 12.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313 12.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 316 12.4 Class GradientPalette . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 316 12.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317 12.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317 12.5 Class AdvancedGradientPalette . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317 12.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318 12.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 319 12.6.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320 12.6.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320 12.7 Class PrecalculatedPalette . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320 12.7.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321 12.7.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321 12.8.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322 12.8.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322 12.8 Class ClusterColoringPalette 12.6 Class RainbowPalette 13 Module igraph.drawing.coord 323 13.1 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323 13.2 Class CoordinateSystem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323 13.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323 13.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324 13.3 Class DescartesCoordinateSystem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324 13.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 325 13.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 325 14 Module igraph.drawing.edge 14.1 Class AbstractEdgeDrawer 326 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326 14.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326 14.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 328 14.2 Class ArrowEdgeDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 328 4
CONTENTS CONTENTS 14.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329 14.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329 14.3 Class TaperedEdgeDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329 14.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330 14.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330 14.4 Class AlphaVaryingEdgeDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330 14.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331 14.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331 14.5 Class LightToDarkEdgeDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332 14.5.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332 14.5.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332 14.6 Class DarkToLightEdgeDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333 14.6.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333 14.6.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333 15 Module igraph.drawing.graph 15.1 Class DefaultGraphDrawer 334 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334 15.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 335 15.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336 15.2 Class UbiGraphDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336 15.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 337 15.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 338 15.3 Class CytoscapeGraphDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 338 15.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339 15.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340 16 Module igraph.drawing.metamagic 341 16.1 Class AttributeSpecification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342 16.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342 16.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342 16.2 Class AttributeCollectorBase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 343 16.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 343 16.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344 17 Module igraph.drawing.shapes 345 17.1 Class ShapeDrawerDirectory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 345 17.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 346 17.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347 17.1.3 Class Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347 18 Module igraph.drawing.text 348 18.1 Class TextAlignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348 18.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348 18.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348 18.1.3 Class Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348 18.2 Class TextDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349 18.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349 18.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351 18.2.3 Class Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352 19 Module igraph.drawing.utils 353 19.1 Class Rectangle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353 5
CONTENTS CONTENTS 19.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353 19.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358 19.2 Class BoundingBox . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358 19.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359 19.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 19.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 19.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361 19.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361 19.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363 19.3 Class FakeModule 19.4 Class Point 20 Module igraph.drawing.vertex 364 20.1 Class AbstractVertexDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364 20.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364 20.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365 20.2 Class AbstractCairoVertexDrawer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365 20.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366 20.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367 20.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367 20.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368 20.3 Class DefaultVertexDrawer 21 Module igraph.layout 21.1 Variables 21.2 Class Layout 369 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 21.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370 21.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375 22 Module igraph.matching 376 22.1 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376 22.2 Class Matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376 22.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377 22.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378 23 Package igraph.remote 380 23.1 Modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380 23.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380 24 Module igraph.remote.gephi 24.2 Class GephiGraphStreamingAPIFormat 381 24.1 Class GephiConnection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381 24.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381 24.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383 24.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383 24.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385 24.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 24.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387 24.3 Class GephiGraphStreamer 25 Module igraph.remote.nexus 388 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 388 25.1 Variables 6
CONTENTS CONTENTS 25.2 Class NexusConnection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 388 25.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389 25.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391 26 Module igraph.statistics 393 26.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393 26.2 Class FittedPowerLaw . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 396 26.2.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 397 26.2.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398 26.3 Class Histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398 26.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399 26.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 400 26.4 Class RunningMean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401 26.4.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401 26.4.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 403 27 Module igraph.summary’ 404 27.1 Class GraphSummary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 404 27.1.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 405 27.1.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406 28 Module igraph.utils 407 28.1 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407 28.2 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409 28.3 Class multidict . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 410 28.3.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 410 28.3.2 Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 414 28.3.3 Class Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 414 7
Package igraph 1 Package igraph IGraph library. Version: 0.7.0 License: Copyright (C) 2006-2012 Tamás Nepusz Pázmány Péter sétány 1/a, 1117 Budapest, Hungary This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version. This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details. You should have received a copy of the GNU General Public License along with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA 1.1 Modules • _igraph: Low-level Python interface for the igraph library. (Section 2, p. 216) • app: User interfaces of igraph (Section 3, p. 221) – shell: Command-line user interface of igraph (Section 4, p. 222) • clustering: Classes related to graph clustering. (Section 5, p. 232) • compat: Compatibility methods and backported versions of newer Python features to enable igraph to run on Python 2.5. (Section 6, p. 260) • configuration: Configuration framework for igraph. (Section 7, p. 261) • cut: Classes representing cuts and flows on graphs. (Section 8, p. 267) • datatypes: Additional auxiliary data types (Section 9, p. 274) • drawing: Drawing and plotting routines for IGraph. (Section 10, p. 286) – baseclasses: Abstract base classes for the drawing routines. (Section 11, p. 306) – colors: Color handling functions. (Section 12, p. 310) – coord: Coordinate systems and related plotting routines (Section 13, p. 323) – edge: Drawers for various edge styles in graph plots. (Section 14, p. 326) – graph: Drawing routines to draw graphs. (Section 15, p. 334) – metamagic: Auxiliary classes for the default graph drawer in igraph. 8
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