DTI 1 数据转换包括 3DT1 和 DTI 的转化(124) a.在 Mriconvert 中将 3DT1 转换成 nifti 格式(2)注意原格式中必须全为横断位 图像。 b. 在 Mriconvert 中 将 DTI 数 据 首 先 转 换 FSL nifti 格 式 得 到 梯 度 信 息 _vbesc,(248+1)删除其他文件只留下_vbesc 文件，再继续将 DTI 格式转换成 nifti 格式以便用于追踪。(248+1) c.在 Matlab 中查看梯度信息：load name..vbesc data=name..vbesc(:,1:4:end)',%%每隔 4 列是一样的所以只 取一列 2 DTI 头动校正，将校正后的 DTI 弥散图像转换成 4D 文件 outputfomat:FSL(4Dniftinii)->file:nifti3D->4D （4Dname2DTI.nii1+r.*248+dti_ep.*248+1.vbesc+1.rp.txt） 3 结 构 像 配 准 事 3DT1 像 的 维 度 和 b0 像 的 维 度 一 样 。 Coregister(estimate&reslice)-> Reference: 选 择 头 动 矫 正 后 的 B0 像 -> Images to Reslice: 选择 MRIConvert 转换的 3D T1 像. (2+r.*2) 4.结构像分割 data:选择配准后的结构像。(12=产生灰质和白质文件 c1* 2 和 c2* 2+seg_inv_sn.mat1+seg_sn.mat1+mr.*2+4) 二 纤维素追踪 1 由于纤维束追踪是在 DTI native space 进行的，所以有必要将标准空间的 ROI 投回到 DTI native space，以便达到空间位置对齐 a. Normalize(estimate &write)-> Data->Subject-> Source Image:矫正后的 3D T1 像-> Images to Write：矫正后的 3D T1 像。->Template Image：T1 模板。 结果产生 15=Normalize 参数*_sn.mat+ wmr.*2+12 b. 选择 deformation, 点击 Current Item 下 Inverse，然后选择 Current Module 下 Composition->Inverse->Composition ， 再 次 选 择 Current Item 下 New ： Imported _sn.mat。Parameter File:矫正后 3D T1 标准化产生的_sn.mat 参数。 Image to base inverse on：矫正后的 3D T1 像。Apply to：需要空间变换的 ROI(aal)。 Interpolation：Nearest Neighbour。(w) 

三 DTI 追踪(Toolkit&trackvis) 纤维束追踪主要是在软件 Toolkit&trackvis 下完成的，该软件包括追踪和显示 两个部分，Toolkit 用于追踪，Trackvis 用于纤维显示和统计，这里我们主要利 用其追踪结果来构建结构网络。 1 name.bvesc->data=name(:,1:4:end)'->dlmwrite('name.txt',data), 每隔 4 行相同的情况下只需取其中一行并转置,提取梯度信息。 load %%假设 ， 利 用 指 令 

追踪结果保存在 dti.trk 中。 四 结构网络的计算 基本思想： 提取每条 fiber 信息(空间位置，长度，平均 FA) 判断每条 fiber 连接的区域(直接连接) 统计每两个区域之间连接的所有 fiber，计算连接权重，平均 FA，构建网 络 程序 fiber_read outfile->fiberflie:*dti.trk->input this sub_name->FA map: dti_fa.nii（追踪生成）->white map: c2r.*->AAL map:waal.* （读取.trk 文件中每条纤维束的信息，计算每对 ROI 之间的连接约为 2h）最终 产生 subname_fiberinfo.mat, subname_surface.tif（每个 roi 区域和白质相 交 的 表 面 积 ） , subname_FA_LR.tif （ 116 个 区 域 之 间 连 接 fiber 上 的 平 均 FA）,subname_weight_LR.tif（116 个区域之间的权重连接图）等四个文件。