1、待分析数据文件的编辑 可新建文本文件并命名为 project_data，以文本编辑的方式编辑数列： 第一列：样品代码，每一样品占两行，每一行为其一个基因型，如样品 1 的基因型为 AA， 样品 2 的基因型为 AT，样品 3 的基因型为 TT，则编辑为： 1 1 1 1 2 1 2 2 3 2 3 2 如果有多个等位基因，可以按 1，2，3，4，5 等顺序编码各样品的基因型； 第二列：人群代码，即第一群人的代码全为 1，第二群人的代码全为 2，第三群人的代码全 为 3； 第三列：位点 1 的分型结果。如上所述，如果有 2 个等位基因，可用 1、2 代表；如果有多 个等位基因，可分别以 1，2，3，4，5 等代表； 第四列：位点 2 的分型结果。编码方法同上。 2、打开 Structure 软件，选择 File-->OPEN DATA FILE-->选中所编辑好的打他 data 文件，查看 格式、数据，如有修改应保存退出； 3、选择 File-->NEW PROJECT-->STEP 1-->命名 Project Name-->选择存放路径-->选择保存过的待 分析文件； 4、STEP 2-->填入待分析样品数量，如 220-->Ploidy of data 即选择单倍体或二倍体，选 2-->Number of loci，选位点个数-->MiMissing data value，一般选-9； 5、STEP 3-->依次选择 row of marker names, row of recessive alleles, map distance between loci, phase information 等，没有就不选；最下面，如果没有 data file stores data for individuals in a single line 就不选； 6、STEP 4-->Individual ID for each individual(选择) ，putative population origin for each individual （选择），USEPOPINFO selection flag(不选)，Phenotype information（不选），other extra column （不选）以及 number of extra column（不选）； 7、点击“Finish”；Proceed； 8、点击 Parameter set-->new-->length of burnin peroid (填写 10000)-->Number of MCMC Reps 

after burnin (填写 10000); 9、Ancestry Models，Allele frequency model，Advanced 等均选 Default setting; enter the name: 输入名字，运行完毕将产生一个由该名字命名的文件夹以保存运算结果和绘图。 10、点击“Start a job”，单击选中命名的文件夹名称，设置 K 从 2 到 7 等，其它不选，点击 Start。 11、点击“Plotting”，选择刚才命名 job 的名字，result file 选择 run_1, run_2 等，即可看到 聚类的三角图形。 12、注意：运行完毕后产生的以“job 名字”命名的文件夹中自动含有 project_data 文件， 其内容与最初编辑的 project_data 文件完全一致，故原编辑的 project_data 文件可以删去。 柱形图绘制软件 Distruct 使用指南 当 Structure 软件运行完毕获得结果后，往往需要以 CLUMPP 或 distruct 软件绘制柱形图。 distruct 用法如下： 1、从 http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html 下载并解压缩 Distruct 1.1 压缩包，可以看到含 7 个以 casia 为名的文件及 5 个名字字首为 distruct 的文件，还有一个 drawparams 的文件和一个颜色文件夹； 2、运行 casia.postscript 文件，应该能产生一个含 9 个群体柱形图的 casia.pdf 文件，这表明 系统及软件正常； 3、打开 casia.popq 和 casia.indivq 将其原内容清空并置换为前述 Structure 软件运行后所产生 的_run_1_f 文件的内容（拷贝并粘贴），其中_run_1_f 文件同时含有 individual 和 population 两者的数据。以 Word 打开 casia.indivq 文件，将_run_1_f 文件后半部分的内容自“Inferred ancestry of individuals”行以下的数据拷贝并粘贴到 casia.indivq 文件中，全部替换原来的 210 行数据；以 Excel 打开 casia.popq 文件，将_run_1_f 文件前半部分含有“Proportion of membership of each pre-defined population in each of the 3 clusters”的行下面的数据拷贝并粘 贴到 casia.popq 中，并替换原来的内容（K=3 是可变的！）。新产生的内容注意仍然保持原来 210 行数据的那种格式。 4、打开 casia.languages 文件，将原内容 “50 Indo-European 51 Dravidian 57 Indo-European 59 Indo-European 

58 Indo-European 52 Linguistic isolate 54 Indo-European 629 Altaic 699 Altaic 56 Indo-European” 替换为现内容 “1 CEU 2 CHB 3 YRI”； 保存为原格式； 5、打开 casia.names 文件，将原内容 "50 Balochi 51 Brahui 57 Makrani 59 Sindhi 58 Pathan 52 Burusho 54 Hazara 629 Uygur 699 Yakut 56 Kalash" 

替换为现内容 "1 CEU 2 CHB 3 YRI" 保存为原格式； 6、打开 casia.perm 文件，将原内容 "5 yellOw 4 Pink 1 Red 2 green 3 blue_Purple" 中的 4、5 颜色删去，并保存为原格式； 7、以文本格式打开 drawparams 文件，将 drawparams 文件中的 #define K 5 // (int) number of clusters #define NUMPOPS 9 // (int) number of pre-defined populations #define NUMINDS 210 // (int) number of individuals 中的 5，9，210 改为 3，3，220，并保存； 8、将原 distruct1.1 文件夹中的 casia_f 文件删去，将_run_1_f 文件整个拷贝并粘贴到解压缩 后获得的 distruct1.1 文件夹中，重命名为 casia_f； 9、运行 distruct1.1 文件夹中的 distructWindows1.1 应用程序，将修改导入 Windows 系统； 10、点击 casia.postscript 文件即可产生 casia.pdf 文件，这便是所需的结果。