LAMMPS教程.pdf

发布时间：2022-06-08 发布人：admin 分类：说明书资料大小：8.50M 资料格式：pdf 举报版权申诉

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LAMMPS 教程王延颋中国科学院理论物理研究所中科院超算中心培训北京 2012 年 9 月 17-18 日 1

1. 分子动力学模拟基本概念 3

1.1. 计算科学 ─ 理论与实验科学的桥梁求解模型参数理论科学计算科学实验科学模型框架指导计算物理的作用  求解解析理论无法求解的问题  模拟多体问题，得到更贴近实际体系的结果  模拟实验做起来困难或不可能做的条件  计算用到大量近似和模拟理想化实验条件，所以还是更贴近理论 4

1.2. 分子模拟 ─ 研究原子分子层面的物性  计算物理包括数值求解和计算机模拟两大类  对物质的模拟大致分为宏观、介观、微观三个层次  分子模拟方法分为 Monte Carlo (MC) 和 Molecular Dynamics (MD) 两大类  对 Boltzmann 分布的重要性采样：统计物理是理论基础. 5 分子模拟

1.3. 第一性计算 ─ 电子结构方法解多体薛定谔方程：HΨ({r}) = E Ψ ({r}) 方程中包含所有原子核和电子的哈密顿量和波函数  原子间相互作用由主要由电子决定  计算系统最低能量构型，原子光谱等  计算化学反应势垒，速率等  Gaussian 软件包 6

1.4. 第一性计算 ─ 密度泛函理论解多体薛定谔方程：HΨ(ρ({r})) = E Ψ (ρ({r})) 用电子密度代替电子坐标，从而大大减少计算自由度  适于进行较大体系的计算  VASP 软件包  仍然难以做有限温度的模拟 7

1.5. 蒙特卡罗（MC）模拟  只计算势能，不用计算力  基于 Boltzmann 分布，只能模拟平衡态体系 http://cmm.cit.nih.gov/intro_simulation/node25.html  模拟步长可以很大 8

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