Fragstats 4.2 简易教程
一、使用说明
1.数据格式
Fragstats 能够支持多种数据格式,但 4.2 以及后续版本将使用 Geo TIFF grid
作为主要的数据格式(图 1)。
2.数据命名以及存放路径
导入数据的名称和路径不能包含汉字和空格,且存放于二级目录,例如:
图 1
D:\123\1987.tif
3.背景问题
背景值默认设置为 999,但你完全可以在理解其意义的前提下依照自己喜好
进行调整。简单来说,背景即你分析过程中想要自动忽略的某种地表类型——由
于资料缺乏而无法归类、或者你单纯想将其作为背景值处理的地表类型。值得注
意的是,当设定为正值时,背景像元值被视作目标景观内部值;当设定为负值时,
背景像元被视作目标景观外部值。内部背景作为目标景观的一部分不仅会为整个
景观面积作出贡献,并且会因此而改变许多指数值;外部背景不会被视作目标景
观的一部分,只会对影像边缘的连接性产生影响。在景观计算中,需要注意背景
的影响。这是景观指数误差中很大的一部分。 比如说,我们拿到的遥感图像,
校正好后,边界裁剪后,一般不是规则的矩形。在边边角角存在没有信息的像元。
图像分类后,没有信息的像元也是作为分类的一种的。因此,需要对其进行去除。
这个操作可以在 Arcgis 下操作。
4.下载地址
http://www.umass.edu/landeco/research/fragstats/downloads/fragstats_d
ownloads.html
二、操作步骤
2.1 打开 Fragstats
首先,从开始菜单或双击桌面图标打开 Fragstats。如果你的电脑上已安
装 10.0 及以下版本的 ArcGIS ,那么 Fragstats 打开时将有明显延迟(有时长
达 30s),这是由于 Fragstats 在验证 ArcGIS 的使用许可(license)。请务必
保持耐心(图 2)。
2.2 新建模型
图 2
接下来你需要创建一个 Fragstats 模型用于对斑块的景观结构进行分析。一
个 Fragstats 模型简单来说就是为 Fragstats 进行了全副参数化,即为其配备了
分析所需的全部参数。点击工具条上的 New 按钮或从 File 的下拉菜单中选择 New
选项,即可创建一个空白模型(图 3)。
2.3 导入数据
图 3
接下来需要输入一个数据进行分析。具体操作为:点击 Add a layer,打
开如下(图 4)输入数据对话框。导入数据后软件会从其头文件中自动读取行列
数及栅格大小,之后这些参数在对话框中就会变为灰色,无法更改。唯一可以更
改、也需要多加留意的是背景值。
说明:Row/column count:行/列值计数, Background value:背景值, Cell size:输入
像元长度(米), Band:选取分析波段,用于多波段数据源
图 4
2.4 设置分析参数
点击用户界面左侧选框的 Analysis Parameters 按钮。在这里你可以选择使
用 4 邻域或 8 邻域的邻域法则,本教程采用默认的 8 邻域法及 No sampling(不
采样)设置。在 No Sampling 选项下勾选 Patch, Class, Landscape 三种指数。
请注意三种指数至少勾选其一,同时注意只需勾选你想要计算的指数类型即可,
多勾选或者不勾选,软件将会报错。
此外,在 No sampling 下面还有一个生成斑块 ID 号的附加选框(Generate
Patch ID File)。如果勾选这一选框,Fragstats 就会为每一个栅格分配一个 ID
号。即 1 号斑块内的所有栅格的 ID 值都为 1, 2 号斑块内的所有栅格的 ID 值都
为 2,以此类推。
必须勾选相关选项,最后
运行时才会进行运算
2.5 景观指数选择
图 5
指数一共有三个级别,path、class、landscape。不同级别对应不同的指数,
对应着不同的生态学意义。所以选择指数的时候,一定要清楚所选择的指数对应
的级别。 首先,在用户界面的右上方选框内勾选斑块级别的景观指数。点击
Patch metrics 并勾选不同指标下的景观指数。你可以按照需要选择某些指数,
或者直接选择“select all”亦可。注意:如果在聚集度(Aggregation)指标
下选择了邻近系数(proximity index)或相似系数(similarity index),那么你
还需要为其指定搜索半径——计算这两个指标需要搜索半径。计算相似系数还需
要指定相似性权重表(见图 6)。点击[…]可以指定需要的搜索半径,如:1000.00。
图 6
接下来,点击 Class metrics 可以选择类型级别下不同指标内的景观指数。
与上述方法相同,你可以按照需要选择某些指数,或者直接选择“select all”
亦可。注意,在面积-边缘(Area-Edge)指标下,如果你勾选了总边缘长度(Total
Edge)或边缘密度(Edge density)这两个指数,那么你需要对如何处理每种背景
或边界细加考虑。缺省情况下,背景不作为真实边缘,但你也可以选择把所有背
景都作为边缘,或把某部分背景作为边缘。点击[…]即可对缺省值进行修改。注
意:由于(本文)输入的景观自带包界,且不包含任何背景,因此这个问题不会
出现。同样的,如果在聚集度指标(Aggregation)下勾选了连通系数(connectance
index),那么你还需要对什么是“连通”设定一个阈值。点击[…]即可设定阈
值,单位为米,如:500。(见图 7)
图 7
最后,点击 Landscape metrics 可以选择景观级别下不同指标内的
景观指数。与上述方法相同,你可以按照需要选择某些指数,或者直接选择
“select all”亦可。注意:在多样性指标下如果选择了相对拼块多度(Relative
Path Richness),那么你还需要给定最大地表分类数(或斑块类型数)。点击[…]
即可给定该值,例如本例中设定为 6。(见图 8)
2.6 保存模型
图 8
接下来你可能需要将此设置好的模型进行保存,备作以后使用。一般来说
对现有的文件进行修改会比从零开始设置要容易得多。记得在设置参数的过程中
时不时地点击 Save 或 Save as 对模型进行保存。
2.7 运行模型
接下来要做的就是运行模型。直接点击 Run 按钮,或从“Analysis”的下拉
菜单里就可以打开运行窗口。运行窗口里面包含分析类型(本例中选择的是 No
sampling)以及斑块、类型及景观各个级别内勾选的指数数目。如果这些信息无
误,那么点击 Proceed 按钮就可启动运行,否则点击 Cancel 再对模型设置进行
调整。在本例中,一共有 75 个斑块级别指数、109 个类型级别指数以及 116 个
景观级别指数参与了计算,这是因为我全选了所有级别的指数(见图 9)。
2.8 查看结果
图 9
注意到用户界面右下角的运行日志(Activity log)。如果计算
顺利,那么你可以在日志中看到计算停止时间,以及整体所用时间。
点击右上角的 Results 按钮就可以在斑块、类型和景观级别下分别查
看对应的景观格局指数(见图 10)。
2.9 保存结果
图 10
选择“save run as”则将表格保存为 fragstats 的专有格式(见图 11)。
*.patch:保存 patch 表格信息
*.class:保存 class 表格信息
*.land:保存 landscape 表格信息
*.adj:保存数据源信息
2.10 在 excel 中打开表格
图 11
在 excel 中选打开文件,文件类型选“所有文件”。打开后进入导入数据向导窗
口(见下图)。