DCFA 1.1 软件的使用
DCFA 是为了将群体的 RAPD 数据文件代入程序 WINAMOVA 或 Popgene32
而准备的。
1、运行 DCFA1.1 必须建立 3 个文件:RAPD(或 ISSR 等其它显性标记)数据文件
(*.rpd)、 群体数据文件(*.pop)、组数据文件(*.gop)。
2、群体数据文件(*.pop)的格式如下
第 1 行:第 1 个群体的个体数量
第 2 行:第 2 个群体的个体数量
最后 1 行:最后 1 个群体的个体数量 (注:至少要 3 个群体!)
例如:分析了 10 个群体,每个群体用样本 10 个
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3、组数据文件(*.gop)的格式如下:要用“{}”将群体分成若干组
(注:至少要分为 3 组!)
同上例:将 10 个群体分为 3 组
4、RAPD 数据文件(*.rpd)的格式如下
第 1 行:2 个数字,总个体数和 RAPD 位点总数,二者之间空一格。
第 2 行:第 1 个群体的第 1 只个体的 RAPD 数据,任何 2 个位点之间空一格。
第 3 行:第 1 个群体的第 2 只个体的 RAPD 数据,任何 2 个位点之间空一格。
最后 1 行: 最后 1 个群体的最后 1 只个体的 RAPD 数据, 任何 2 个位点之间空一格。
(注:各行之间不要留空行!)
同上例:总个体数为 100,位点总数为 100
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注意:RAPD(或 ISSR 等其它显性标记)数据文件(*.rpd)的关键是所有的 0
和 1 之间必须有一个空格,所以,最好先在 Excel 中建立 01 矩阵文件,然后粘贴
到记事本中,保存为 *.rpd 格式即可。
DCFA 软件生成的用于 Popgene 分析的文件*.dat,不能直接用“记事本”打开。
可将文件名直接改为后缀*.txt,以便用“记事本”打开,进行编辑修改。
DCFA 软件生成的用于 Popgene 分析的文件*.dat,其中的“Locus name :”为
Locus1、Locus2、Locus3 ……… 连续排列,为便于数据分析,最好区别各引物产
生的位点,可利用 Excel,方便地修改位点名称(下图):
在单元格中输入第一个位点的名称,然后将鼠标置于单元格的右下角,即出现十字形;
然后按下鼠标左键,向右侧拖曳,即可依次出现其他位点的名称;
选中后,利用“复制” ,再“粘贴”到“记事本”的 *.txt 文件中即可。
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