第1页 / 共126页
第2页 / 共126页
第3页 / 共126页
第4页 / 共126页
第5页 / 共126页
第6页 / 共126页
第7页 / 共126页
第8页 / 共126页
R语言分析光合数据.pdf
表格
插图
前言
版权声明
关于作者
R 软件与 Rstudio
R 软件
Rstudio
批量处理光合测定数据
安装
6400 数据整合
LI-6800 数据整合
CO2 响应曲线的拟合
FvCB 模型
CO2 响应曲线测量的注意事项
分段性
测量注意事项
plantecophys 软件包
LI-6400XT CO2 响应曲线的拟合
fitaci 函数介绍
使用 plantecophys 拟合 LI-6400XT CO2 响应曲线数据
数据的前处理
使用示例
使用 onepoint 单独计算 Vcmax 和 Jmax
多条 CO2 响应曲线的拟合
findCiTransition 函数
C4 植物光合
C4 植物光合速率的计算
气孔导度模型的拟合
BallBerry 模型
BBLeuning 模型
BBOptiFull 模型
fitBB 函数
fitBBs 函数
光合最优气孔导度耦合模型
FARAO 函数
光合气孔导度耦合模型
Photosyn 函数
Photosyn 使用举例
PhotosynEB 函数
PhotosynTuzet 函数
PhotosynTuzet 的参数
RHtoVPD 函数
光响应曲线的拟合
直角双曲线模型
直角双曲线模型的实现
非直角双曲线模型
非直角双曲线模型的实现
指数模型
指数模型的实现
直角双曲线的修正模型
直角双曲线修正模型的实现
关于非线性拟合的初始值
nlsLM 解决方案
作图比对法
实现过程
直观展示
自动多次尝试法
小结
LI-6800 的数据分析
数据格式
LI-6800 与 LI-6400 使用时的差别
光响应曲线注意事项
LI-6800 RACiR的测量与拟合
racir 软件包实现 RACiR数据分析
实现过程
RACiR分析的手动实现
LI-6800 荧光数据分析
jip test 的实现
jiptest 软件包安装
read_files 及 read_dcfiles 函数
jip_test 及 jip_dctest 函数
jip_plot 及 jip_dcplot 函数
环境与配置
参考文献
祝介东北京力高泰科技有限公司
R 语言分析 LI-6400 和
LI-6800 光合仪的数据
目录
表格
插图
前言
版权声明
关于作者
1 R 软件与 Rstudio
1.1 R 软件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 Rstudio
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 批量处理光合测定数据
2.1 安装 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 6400 数据整合 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3 LI-6800 数据整合 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3 CO2 响应曲线的拟合
3.1 FvCB 模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 CO2 响应曲线测量的注意事项 . . . . . . . . . . . . . . . .
vii
ix
i
iii
v
1
1
1
3
3
3
5
7
7
10
iii
iv
Contents
3.2.1 分段性 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.2 测量注意事项 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3 plantecophys 软件包 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4 LI-6400XT CO2 响应曲线的拟合 . . . . . . . . . . . . . .
3.4.1 fitaci 函数介绍 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5 使用 plantecophys 拟合 LI-6400XT CO2 响应曲线数据 .
3.5.1 数据的前处理 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5.2 使用示例 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5.3 使用 ‘onepoint’ 单独计算 Vcmax 和 Jmax . . . . . . .
3.5.4 多条 CO2 响应曲线的拟合 . . . . . . . . . . . . . . .
3.5.5 findCiTransition 函数 . . . . . . . . . . . . . . .
3.6 C4 植物光合 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.6.1 C4 植物光合速率的计算 . . . . . . . . . . . . . . . .
4 气孔导度模型的拟合
4.1 BallBerry 模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 BBLeuning 模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 BBOptiFull 模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4 fitBB 函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5 fitBBs 函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5 光合最优气孔导度耦合模型
5.1 FARAO 函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
11
12
13
13
15
15
16
24
25
31
31
32
35
35
36
36
36
38
41
41
Contents
6 光合气孔导度耦合模型
6.1 Photosyn 函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.1 Photosyn 使用举例 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 PhotosynEB 函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3 PhotosynTuzet 函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3.1 PhotosynTuzet 的参数 . . . . . . . . . . . . . . . .
7 RHtoVPD 函数
8 光响应曲线的拟合
8.1 直角双曲线模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.1.1 直角双曲线模型的实现 . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2 非直角双曲线模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2.1 非直角双曲线模型的实现 . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3 指数模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3.1 指数模型的实现 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.4 直角双曲线的修正模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.4.1 直角双曲线修正模型的实现 . . . . . . . . . . . . . .
9 关于非线性拟合的初始值
9.1 nlsLM 解决方案 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.2 作图比对法 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.2.1 实现过程 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.2.2 直观展示 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.3 自动多次尝试法 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.4 小结 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
v
43
44
44
49
49
49
51
53
53
54
59
59
63
63
67
67
71
72
73
74
77
80
82
vi
10 LI-6800 的数据分析
Contents
83
10.1 数据格式 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.2 LI-6800 与 LI-6400 使用时的差别 . . . . . . . . . . . . . .
10.3 光响应曲线注意事项 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.4 LI-6800 RACiR™ 的测量与拟合 . . . . . . . . . . . . . . .
10.5 racir 软件包实现 RACiR™ 数据分析 . . . . . . . . . . . .
10.5.1 实现过程 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.6 RACiR™ 分析的手动实现 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7 LI-6800 荧光数据分析 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7.1 jip test 的实现 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7.2 jiptest 软件包安装 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7.3 read_files 及 read_dcfiles 函数 . . . . . . . . .
10.7.4 jip_test 及 jip_dctest 函数 . . . . . . . . . . . .
10.7.5 jip_plot 及 jip_dcplot 函数 . . . . . . . . . . . .
11 环境与配置
83
83
84
84
85
86
90
95
95
95
95
96
100
103
表格
2.1 LI-6400 批量整合数据 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 LI-6800 批量整合数据 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1 推荐 LI-6400 整理后数据样式 . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2
3.3
onepoint 使用的数据 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
onepoint 法计算的结果 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.1 直角双曲线计算参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2 非直角双曲线计算参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3 指数模型计算参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.4 直角双曲线修正模型计算参数 . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.1 推荐 LI-6800 整理后数据样式 . . . . . . . . . . . . . . . .
10.2 jiptest 批量导入数据后的样式 . . . . . . . . . . . . . . . .
10.3 jiptest DC 数据批量导入数据后的样式 . . . . . . . . . . . .
10.4 jiptest 输出的计算参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.5 jiptest DC 数据输出的计算参数 . . . . . . . . . . . . . . .
4
6
15
24
25
57
62
66
69
83
96
96
97
98
vii
相关推荐
2023年江西萍乡中考道德与法治真题及答案.doc
2012年重庆南川中考生物真题及答案.doc
2013年江西师范大学地理学综合及文艺理论基础考研真题.doc
2020年四川甘孜小升初语文真题及答案I卷.doc
2020年注册岩土工程师专业基础考试真题及答案.doc
2023-2024学年福建省厦门市九年级上学期数学月考试题及答案.doc
2021-2022学年辽宁省沈阳市大东区九年级上学期语文期末试题及答案.doc
2022-2023学年北京东城区初三第一学期物理期末试卷及答案.doc
2018上半年江西教师资格初中地理学科知识与教学能力真题及答案.doc
2012年河北国家公务员申论考试真题及答案-省级.doc
2020-2021学年江苏省扬州市江都区邵樊片九年级上学期数学第一次质量检测试题及答案.doc
2022下半年黑龙江教师资格证中学综合素质真题及答案.doc
