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生信常用生物数据分析软件.pdf
第1章 Unix/Linux操作系统介绍
1.1远程登陆
1.2 文件的复制、删除和移动命令
1.3 目录的创建、删除及更改目录命令
1.4 文本查看命令
1.5 文本处理命令
1.6 改变文件或目录的权限命令
1.7 备份与压缩命令
1.8 磁盘及系统管理
1.9 软件安装简介
1.10 其他
第2章 数据的基本处理
2.1测序原理介绍
2.2峰图转化 Phred
简介
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安装
使用
输入
输出
参数
实例
练习
参考文献
2.3 Phd2Fasta
简介
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使用
输入
输出
参数
实例
练习
2.4载体屏蔽 cross_match
简介
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安装
使用
输入
参数
输出
实例
练习
2.5 序列聚类拼接
2.5.1 Phrap
简介
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安装
使用
输入
输出
参数
运行问题
实例
练习
参考文献
2.5.2 Cap3
简介
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安装
使用
输入
输出
参数
实例
练习
参考文献
2.6 Consed
简介
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安装
输入
使用
输出
常见问题
练习
参考文献
2.7 Primer3
简介
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输入参数
使用和输出
在线工具
实例
常见问题
练习
参考文献
第3章 序列的比对
3.1 全局比对
3.1.1 Clustalw
简介
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使用
输入
输出
交互式参数
命令行参数
实例
练习
参考文献
3.1.2 MUSCLE
简介
安装
使用
参数
网络资源
注意事项
练习
发布须知
详细算法
3.1.3 HMMER
简介
安装
示例
提示
发布须知
3.2 局部比对
3.2.1 Blast
简介
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使用
参数
常见问题
实例
练习
参考文献
3.2.2 blat
简介
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安装
使用
输出
参数
在线工具
练习
参考文献
3.2.3 blastz
简介
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安装
使用
输出
参数
格式转化
实例
练习
参考文献
3.2.4 GeneWise
简介
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使用
输入
输出
实例
练习
参考文献
3.2.5 Fasta
简介
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安装
使用
输入
输出
实例
练习
参考文献
3.2.6 Exonerate
简介
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常用功能和用例
输入
输出
练习
参考文献：
3.2.7 Sim4
第4章 基因组/基因的注释
4.1 重复序列分析
4.1.1 RepeatMasker
简介
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使用
输入
输出
在线工具
实例
练习
参考文献
4.1.2 Trf
简介
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使用
输入
输出
在线工具
实例
练习
参考文献
4.1.3 LTR_STRUC
简介
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使用
输入
输出
实例和练习
参考文献
4.2 RNA分析
4.2.1 tRNAScan
简介
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使用
输入
命令行
输出
练习
参考文献：
4.2.2 MicroRNA
简介
常用的MicroRNA数据库
MicroRNA的识别
MicroRNA靶点的识别
练习
参考文献
4.2.3 snoRNA
简介
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使用
输入
命令行
输出
练习
参考文献：
4.2.4 rRNA（rfam）
简介
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使用
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命令行
输出
练习
参考文献
4.3 基因预测
4.3.1 Glimmer
简介
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使用
输入
输出
练习
参考文献
4.3.2 GlimmerM
简介
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使用
输入
输出
参数
实例
练习
参考文献
4.3.3 Genscan
简介
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使用
输入
输出
实例
练习
参考文献
4.3.4 TwinScan
简介
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使用
运行实例及注解
参考文献
4.3.5 BGF
简介
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用法
输入
输出
实例
练习
参考文献
4.3.6 Fgenesh
简介
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使用
输入
输出
实例
练习
参考文献
4.4 基因功能注释
4.4.1 InterproScan
简介
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使用
运行实例及注解
练习
参考文献：
4.4.2 WEGO
简介
使用
第5章 SNP分析
5.1 Polyphred
简介
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使用
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输出
练习
参考文献
5.2 SNPdetector
简介
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使用
输入
输出
参数
实例
练习
参考文献：
5.3 cross_match
输入
命令行
输出
第6章 进化分析专题
6.1 Phylip
简介
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使用
实例
练习
参考文献
6.2 Paml
简介
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使用
实例
练习
参考文献
6.3 KaKs_Calculator
简介
安装
使用
输入
参数
输出
参考文献
6.4 FGF
简介
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使用
输入
输出
参数
实例
练习
常见问题
参考文献
6.5 mega
简介
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实例
练习
参考文献
第7章 基因表达分析专题
7.1 EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签分析
7.1.1 EST基本介绍
7.1.2 EST分析流程介绍
7.1.3 BGI EST Pipeline(BEP)介绍
7.1.4 EST的应用
7.2 生物芯片(Microarray)分析
7.2.1 背景介绍
7.2.2 芯片的数据分析
7.2.3 芯片Oligo设计
7.3 Motif预测
7.3.1 MEME/MAST系统
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使用
结果
练习
Motif的搜索: MAST
练习
参考文献
7.3.2 MDScan
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使用
练习
练习
参考文献
Motif预测小结
第8章 蛋白质结构预测
8.1 蛋白质结构知识介绍
8.2 蛋白质结构预测方法
8.3 蛋白质结构预测的Threading方法
8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍
生物信息学实用技术系列丛书--
常用生物数据分析软件 V2.0
北京华大基因研究中心
目录
第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍...........................................................................................................1
1.1 远程登陆 ....................................................................................................................................1
1.2 文件的复制、删除和移动命令................................................................................................7
1.3 目录的创建、删除及更改目录命令........................................................................................9
1.4 文本查看命令 .........................................................................................................................11
1.5 文本处理命令 .........................................................................................................................13
1.6 改变文件或目录的权限命令..................................................................................................16
1.7 备份与压缩命令 .....................................................................................................................18
1.8 磁盘及系统管理 .....................................................................................................................20
1.9 软件安装简介 .........................................................................................................................22
1.10 其他 .......................................................................................................................................23
第 2 章 数据的基本处理 ........................................................................................................................25
2.1 测序原理介绍 ..........................................................................................................................25
2.2 峰图转化 Phred ......................................................................................................................27
2.3 Phd2Fasta ...............................................................................................................................32
2.4 载体屏蔽 cross_match ..........................................................................................................36
2.5 序列聚类拼接 .........................................................................................................................43
2.5.1 Phrap ..........................................................................................................................43
2.5.2 Cap3 ............................................................................................................................50
2.6 Consed .....................................................................................................................................54
2.7 Primer3 ...................................................................................................................................68
第 3 章 序列的比对 ................................................................................................................................73
3.1 全局比对 .................................................................................................................................76
3.1.1 Clustalw ....................................................................................................................76
3.1.2 MUSCLE ........................................................................................................................93
3.1.3 HMMER ..........................................................................................................................99
3.2 局部比对 ...............................................................................................................................103
3.2.1 Blast ........................................................................................................................103
3.2.2 blat ..........................................................................................................................117
3.2.3 blastz ......................................................................................................................123
3.2.4 GeneWise ..................................................................................................................130
3.2.5 Fasta ........................................................................................................................138
3.2.6 Exonerate ................................................................................................................147
3.2.7 Sim4 ..........................................................................................................................152
第 4 章 基因组/基因的注释 ................................................................................................................160
4.1 重复序列分析 .......................................................................................................................160
4.1.1 RepeatMasker ..........................................................................................................161
4.1.2 Trf ............................................................................................................................172
4.1.3 LTR_STRUC ................................................................................................................177
4.2 RNA分析 .................................................................................................................................179
4.2.1 tRNAScan ..................................................................................................................180
4.2.2 MicroRNA ..................................................................................................................185
4.2.3 snoRNA ......................................................................................................................193
4.2.4 rRNA（rfam） ..........................................................................................................198
4.3 基因预测 ...............................................................................................................................202
4.3.1 Glimmer ....................................................................................................................205
4.3.2 GlimmerM ..................................................................................................................210
4.3.3 Genscan ....................................................................................................................215
4.3.4 TwinScan ..................................................................................................................218
4.3.5 BGF ............................................................................................................................221
4.3.6 Fgenesh ....................................................................................................................223
4.4 基因功能注释 .......................................................................................................................225
4.4.1 InterproScan ..........................................................................................................225
4.4.2 WEGO ..........................................................................................................................231
第 5 章 SNP分析 ....................................................................................................................................236
5.1 Polyphred .............................................................................................................................237
5.2 SNPdetector .........................................................................................................................243
5.3 cross_match .........................................................................................................................250
第 6 章 进化分析专题 ..........................................................................................................................253
6.1 Phylip ...................................................................................................................................255
6.2 Paml .......................................................................................................................................261
6.3 KaKs_Calculator .................................................................................................................267
6.4 FGF .........................................................................................................................................275
6.5 mega .......................................................................................................................................289
第 7 章 基因表达分析专题 ..................................................................................................................293
7.1 EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签分析..........................................................293
7.1.1 EST基本介绍 ............................................................................................................293
7.1.2 EST分析流程介绍 ....................................................................................................296
7.1.3 BGI EST Pipeline(BEP)介绍 ................................................................................309
7.1.4 EST的应用 ................................................................................................................316
7.2 生物芯片(Microarray)分析................................................................................................318
7.2.1 背景介绍 ..................................................................................................................318
7.2.2 芯片的数据分析 ......................................................................................................320
7.2.3 芯片Oligo设计 ........................................................................................................333
7.3 Motif预测 .............................................................................................................................335
7.3.1 MEME/MAST系统 ........................................................................................................335
7.3.2 MDScan ......................................................................................................................351
Motif预测小结 ....................................................................................................................353
第 8 章 蛋白质结构预测 ......................................................................................................................355
8.1 蛋白质结构知识介绍 ...........................................................................................................355
8.2 蛋白质结构预测方法 ...........................................................................................................362
8.3 蛋白质结构预测的Threading方法......................................................................................363
8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍............................................................................................363
第 1 章 Unix/Linux 操作系统介绍 1
第 1 章 Unix/Linux 操作系统介绍
1.1 远程登陆
进入 Linux/Unix 系统，必须要输入用户的账号和密码，普通用户的帐号由系统管理员创
建，供普通用户使用，可以进行有限的操作。登陆大型机常用的有以下三种方式：
Telnet 登陆：
此方式登陆大型机，不需要特殊软件。
第一步：打开命令对话框（windows 系统开始->开始->运行->cmd），输入远程主机 IP，命令为
telnet 192.168.1.120
图 1-1 telnet 登陆大型机，命令行
第二步：连接成功，系统会提示输入用户名：
图 1-2 telnet 登陆大型机，输入用户名
第三步，如果用户名存在，则提示输入密码：
图 1-3 telnet 登陆大型机，输入密码
第四步，密码输入正确，成功登陆：
第 1 章 Unix/Linux 操作系统介绍 2
图 1-4 telnet 登陆大型机，登陆成功
完成任务执行需要退出系统时，只需在 shell 提示符下，键入 exit 命令即可。
SSH 登陆：
需要软件辅助，常用的软件有 SecureCRT，putty 等，下面以 putty 为例讲解 SSH 登陆大型机：
图 1-5 SSH 登陆大型机，配置主机 IP 及登陆方式
第 1 章 Unix/Linux 操作系统介绍 3
图 1-6 SSH 登陆大型机,输入用户名及密码
X-Win 登陆：
X-Win图形界面登陆大型机，可以调用图形窗口，对于consed等软件的使用提供了一个很好的平
台，可用软件：Xming（http://freedesktop.org/wiki/Xming
）、X-win32 等。以下Xming登陆
步骤仅供参考：
图 1-7 选择界面模式
第 1 章 Unix/Linux 操作系统介绍 4
图 1-8 Xming 登陆大型机,选择登陆方式
图 1-9 填写
登陆主机 IP
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