VASP 使用手册
(完善中)
基础(前提)知识
Linux 系统文字界面的基础操作
*会进一个特定的目录下,学会建立,删除,移动,复制目录和文件,掌握 vim 文字处理程
序(可以理解成 Windows 下的文本文档(*.txt),但是功能更强,可以在里面编辑脚本程序,
fortran 或者 C 语言程序)建议参见网页 http://linux.vbird.org/ 里面的内容非常详尽还有很多
例子,看时建议抓住重点看
关于 origin(用来画 DOS 图)和 VESTA(用来显示几何结构和电子结构)都非常容易学,
会基本操作就可,遇到问题可以上网查查或与同学交流
在 Linux 系统下计算软件 VASP 的使用
一、建好 5 个输入文件(POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件)
1, POSCAR
手动建立,vi POSCAR…..
还可以在 MS 的帮助下建立
2, INCAR
咱们组有公用标准的 INCAR 文件,进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以
了
3, POTCAR
从 cluster 上的某个目录下面拷贝过来,放到要计算的目录里
如果要算多个元素的体系,使用命令
Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR
4, KPOINTS 文件,从别处拷贝一个,修改里面的参数即可
5,提交文件都可以用现成的,在老节点上(node1~node21)使用 lsf.sub
新节点上使用 yzx8vasp (记不清了,用绿衬底标出)
二、在服务器上编译 vasp,一般管理员或别的用户以及编译过了,本平台编译好的目录在
/public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2 或/public/baoer/vasp.5.2,编译使用的 mpi 可能不同。
将上面目录下的可执行文件 vasp 拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目
录找到可执行文件 vasp。
三、提交任务
使用命令
qsub lsf.sub 或者 qsub yzx8vasp
之后会自动产生例如
的字样,这个 8026 表示的就是你提交的这个
任务的任务号码
四、查看任务
qstat –a 或 qstat -n
一般只需要看 3 列
第一列:任务序号
第二列:使用者账户
最后一列:计算消耗的时间
五、杀某一个任务
由于任务提错了或别的原因,不想要算某一个任务了。杀死(删除)这个任务使用命令:
eg : qdel 8024 意思为删除任务号为 8024 的任务
六、提取有用信息
任务结束后,任务序列号就会消失,这时进入计算的目录
可以删除的文件,计算完成后
有用的文件为(OUTCAR,CONTCAR,CHG,OSZCAR,DOSCAR)
1.在 OUTCAR 中看费米能级
grep “Fermi ” OUTCAR 最后一个结果就是
2.CHG 是用来看电荷密度图的
将 CHG 下载到电脑上,放到 VESTA 中看电荷密度图
3.CONTCAR 放到 VESTA 中看几何结构图
4.从 OSCAR 中可以快速的查找到计算的总自由能
最后一行,“F = ” 后面的值即是
5.DOSCAR 中存放的是态密度信息
使用杨宗献老师编的 fortran 小程序处理 DOSCAR,用命令 trandos.x DOSCAR 之后会
产生一个 total 文件,将 total 文件下载到电脑中,导入到 origin 画图软件即可看到态密
度信息。(前提是会使用 origin 的基本导入和画图功能)
七、最常用的计算
1.结构优化
目的是找到最优结构
对于晶胞,要找出能量最低的晶格常数,具体可以参照金刚石结构 Si 的那个例子
对于表面,更加简单 :在 POSCAR 中确定优化的原子层数,在 INCAR 中修改 IBRION =2,
POTIM=0.2, NSW=200 三个参数即可,对于参数的意义看苏长荣或侯柱峰的中文说明
就行了
2.单点能自洽计算
目的是得到 CHG 画电荷密度图,以及得到正确的费米能级值,以及体系的总能量。
将 结 构 优 化 的 结 果 中 使 用 命 令 copy CONTCAR POSCAR 然 后 修 改 INCAR 中 令
NSW=0
3.态密度计算
4.震动频率的计算
5.NEB 求过渡态的计算
关于金刚石结构 Si 的计算例子(包括结构优化,单点自洽计算,态密度,能带结构计算),
网上有很多,大家练一练。对于 VASP 计算的整体过程有一个大概的理解。随着使用次数的
增多,会越来越熟悉。