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vasp中文使用手册.doc

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VASP使用手册
(完善中)
VASP 使用手册 (完善中) 基础(前提)知识 Linux 系统文字界面的基础操作 *会进一个特定的目录下,学会建立,删除,移动,复制目录和文件,掌握 vim 文字处理程 序(可以理解成 Windows 下的文本文档(*.txt),但是功能更强,可以在里面编辑脚本程序, fortran 或者 C 语言程序)建议参见网页 http://linux.vbird.org/ 里面的内容非常详尽还有很多 例子,看时建议抓住重点看 关于 origin(用来画 DOS 图)和 VESTA(用来显示几何结构和电子结构)都非常容易学, 会基本操作就可,遇到问题可以上网查查或与同学交流 在 Linux 系统下计算软件 VASP 的使用 一、建好 5 个输入文件(POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件) 1, POSCAR 手动建立,vi POSCAR….. 还可以在 MS 的帮助下建立 2, INCAR 咱们组有公用标准的 INCAR 文件,进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以 了 3, POTCAR 从 cluster 上的某个目录下面拷贝过来,放到要计算的目录里 如果要算多个元素的体系,使用命令 Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR 4, KPOINTS 文件,从别处拷贝一个,修改里面的参数即可 5,提交文件都可以用现成的,在老节点上(node1~node21)使用 lsf.sub 新节点上使用 yzx8vasp (记不清了,用绿衬底标出) 二、在服务器上编译 vasp,一般管理员或别的用户以及编译过了,本平台编译好的目录在 /public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2 或/public/baoer/vasp.5.2,编译使用的 mpi 可能不同。 将上面目录下的可执行文件 vasp 拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目 录找到可执行文件 vasp。 三、提交任务 使用命令 qsub lsf.sub 或者 qsub yzx8vasp 之后会自动产生例如 的字样,这个 8026 表示的就是你提交的这个 任务的任务号码 四、查看任务 qstat –a 或 qstat -n
一般只需要看 3 列 第一列:任务序号 第二列:使用者账户 最后一列:计算消耗的时间 五、杀某一个任务 由于任务提错了或别的原因,不想要算某一个任务了。杀死(删除)这个任务使用命令: eg : qdel 8024 意思为删除任务号为 8024 的任务 六、提取有用信息 任务结束后,任务序列号就会消失,这时进入计算的目录 可以删除的文件,计算完成后 有用的文件为(OUTCAR,CONTCAR,CHG,OSZCAR,DOSCAR) 1.在 OUTCAR 中看费米能级 grep “Fermi ” OUTCAR 最后一个结果就是 2.CHG 是用来看电荷密度图的 将 CHG 下载到电脑上,放到 VESTA 中看电荷密度图 3.CONTCAR 放到 VESTA 中看几何结构图 4.从 OSCAR 中可以快速的查找到计算的总自由能 最后一行,“F = ” 后面的值即是 5.DOSCAR 中存放的是态密度信息 使用杨宗献老师编的 fortran 小程序处理 DOSCAR,用命令 trandos.x DOSCAR 之后会 产生一个 total 文件,将 total 文件下载到电脑中,导入到 origin 画图软件即可看到态密 度信息。(前提是会使用 origin 的基本导入和画图功能) 七、最常用的计算 1.结构优化 目的是找到最优结构 对于晶胞,要找出能量最低的晶格常数,具体可以参照金刚石结构 Si 的那个例子 对于表面,更加简单 :在 POSCAR 中确定优化的原子层数,在 INCAR 中修改 IBRION =2, POTIM=0.2, NSW=200 三个参数即可,对于参数的意义看苏长荣或侯柱峰的中文说明 就行了 2.单点能自洽计算 目的是得到 CHG 画电荷密度图,以及得到正确的费米能级值,以及体系的总能量。 将 结 构 优 化 的 结 果 中 使 用 命 令 copy CONTCAR POSCAR 然 后 修 改 INCAR 中 令 NSW=0 3.态密度计算 4.震动频率的计算 5.NEB 求过渡态的计算 关于金刚石结构 Si 的计算例子(包括结构优化,单点自洽计算,态密度,能带结构计算), 网上有很多,大家练一练。对于 VASP 计算的整体过程有一个大概的理解。随着使用次数的 增多,会越来越熟悉。
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