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CANOCO之CCA排序(中文完整版)..doc

发布时间：2022-06-15 发布人：admin 分类：说明书 资料大小：0.42M 资料格式：doc 举报 版权申诉
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    Canoco for Windows 4.5 之 CCA 排序 以下为软件使用的详细步骤，具体探讨如何使用 Canoco for Windows 4.5 软件包完成 Canonical Correspondence Analysis (CCA) 分析，软件包的大部分程序都将在步骤中涉及，鉴 于分析中所采用的公用数据集，大家可以基于 Canoco 测试版重做这些分析。(提醒：Canoco 测试版默认安装路径为 C:\Canoco，如果您在别的地方重新安装，请恰当的调整文件夹路径。) 步骤共划分为四个过程: 借助 WCanolmp 导入电子表数据 借助 Canoco for Windows 进行 CCA 排序 借助 CanoDraw 画出排序图 修正 CanoDraw 排序图 一、借助 WCanoImp 导入电子表数据 1.打开路径 C:\Canoco\Samples\dune_env.xls 中的 Excel 文件，当然也可以使用其他可读 形式。在 Excel 表中，要选择整个矩形区域的数据，包括第一行（含变量名称）和第一列（含 样本名称），然后复制数据到剪贴板（也可使用 Excel 中的 Edit→Copy 菜单命令），之后， 从快捷菜单中打开 Canoco for Windows 的子菜单 WCanoImp（见图 1）。 图 1 从快捷菜单中打开 WCanoImp 2.此时，WCanoImp 程序已经开始运行，这里我们选择保存数据为 Condensed 格式（如 果数据包括很多 0 值的话，而且这对于物种数据还很常见，那么浓缩格式可以节省文件空 间）。核对以下选项后，就可以点击保存按钮了（见图 2）。 图 2 WcanoImp 的文件保存
    3.此时出现一个文件选择框，选择文件路径为 C:\Canoco\Samples，同时输入文件名 duneenv2.dta，此时不要输入 duneenv.dta，因为这个文件已经存在，如果你保存的话将会覆 盖（当然前提需要你的确认），之后，点击“Save”按钮。 4.之后弹出一个小型窗口，可以输入一段描述性的文字（最多 80 字节），此时由 WCanoImp 生成的一段文字被突出显示（蓝色阴影），可以默认，也可以通过输入文字直接 替换。然后点击“OK”按钮，有提示框提醒“你的文件成功创建”，最后再次点击“OK”按钮后， 又回到 WCanoImp 窗口，可以关闭。 二、借助 Canoco for Windows 进行 CCA 排序 1.从快捷菜单中打开 Canoco for Windows 的子菜单（见数据导入第 1 个步骤），此时选 择 Canoco for Windows 项，打开的时候会有日期提醒（已转换系统日期的除外），关闭后继 续。此时，Canoco for Windows 的工作区还是空的，在开始分析之前，我们必须创建一个新 的项目，如可以通过工具栏上的“New project”快捷键创建（图 3）。 图 3 Canoco for Windows 新项目的创建 2.点击“New project”按钮之后，会出现新的项目窗口（Project View）和登录窗口（Log View），同时项目建立向导也会自动启动（以下主要是对各向导页面的说明）。CCA 试图通 过环境数据解释物种关系，如果我们想同时分析物种数据（主数据）、环境数据（从数据） 以及相应的梯度关系，则必须首先选择第一个向导页的复选框（图 4），确认后点击向导页 下方的“Next”按钮。 3.下一页，主要是选择 2 个文件作为排序结果的储存部分（Canoco 结果文件）。但由于 前一页的选择，所以两个选项（协变量和补充性环境变量）是非激活的。此时，你可以直接 图 4 数据关系的选择
    在默认路径中输入文件名，也可以使用“Browse”按钮去查询数据文件所在（图 5），原则上 应该按照下图填写路径，除非你的 Canoco 安装目录不在 C:\Canoco。 图 5 数据文件的选择 4.点击“Next”按钮后，向导页出现了分析方法的选择，这里选择 CCA，当然你也可以尝 试单击向导页右上方的“？”按钮，点击后你的鼠标变成一个问号标志，放到任何一个标签上 面都可以得到具体信息，如想获得整个向导页的说明，则可以点击向导页底部的“Help”按钮。 5.下一页，需要选择分类排序的比例，此时保持默认值，如想更清楚了解这一选择，你 也可以尝试阅读“Help”文本。 6.继续下一页，给我们提供物种数据转换的几种方法，对于我们的数据，物种数值大体 处于对数比例，因此我们保持默认的“不转换”，继续点击“Next”。 7.这一页 “数据编辑选择” （图 6）是数据分析的核心部分，通过选择特定的复选框， 你可以通过分析移除某些样本、物种或是环境变量，改变它们的比重或是让它们作为补充成 分。此外，你也可以通过 Define Interactions（原始环境变量的动力和产量）扩展解释变量。 但在步骤中，为尽量保证我们的展示简单，我们没有选择任何一个复选框且忽略了大部分的 向导页说明。 图 6 数据编辑选择 8.下一页允许进行环境变量的预选，除了手动预选之外，也可以借助 CANOCO 3.x 的自 动预选，它可以为个体解释变量的微量和受制约的影响提供快速的概括（见 The Package: The Canoco for Windows module）。在此时说明中，我们依然保持默认状态（即使不采用预选）， 继续点击“下一步”。
    9.下一页“Global Permutation Test”主要涉及蒙特卡洛置换检验，我们将为之展示 Canoco for Windows 最简单的置换检验。首先选择左边页的最后一个选项“Both above tests”，同时让 排列数和排列类型选择保持默认状态（图 7）。 图 7 Global Permutation Test 10.下一页，继续保持默认设置。当然也可以采取违背最简排序方法（自由排列），如通 过协变量分析，确定已有样本/实验设计的程序结构，因此那些来自不同结构的样本并没有 在排列中转换，可见 The Package: The Canoco for Windows module 以获取更多信息。 11.最终页终于出现了，这里友情提醒，此时你或许需要回头检查下当初的选择并按照 要求进行修正，当然也可以在排序分析完成后检查，最后能重复和提高已有分析结果，如果 确定的话，点击“Finish”按钮。 12.这样，一个标题为“Canoco Project”的文件保存对话框出现了，需要你输入一个名字 并保存，比如我们把文件 tutorial.con 保存路径为 C:\Canoco\Samples（图 8）。 图 8 con 文件的保存 13.点击“OK”按钮之后，已有项目得以保存，界面又回归到 Canoco for Windows 工作区， 同时项目窗口被突出显示，而登录窗口成为背景（图 9）。 14.点击项目窗口中的“Analyze”按钮，计算过程（包括蒙特卡洛排序）呈现在弹出 （pop-up）窗口，在这个窗口消失之后，你又将回到 Canoco for Windows 工作区，此时登录 窗口填满了分析的主要结果。若想检查排序结果，可通过点击窗口查看，当然也可以点击 F3 或点击转换工具栏按钮。
    图 14 Canoco for Windows 主界面 15.在登录窗口，你可以看到蒙特卡洛排序检验、排序总体情况以及一些附加信息，这 些信息在 Canoco for Windows 中有细致展示（图 15），也可借助右手边的“scrollbar”收起登 录窗口。 图 15 登录窗口的详细信息 三、借助 CanoDraw 画出排序图 1.有两种方法打开 CanoDraw，一是从快捷菜单中打开 Canoco for Windows 的子菜单（见 数据导入第 1 个步骤），此时选择 CanoDraw 项；二是在项目窗口执行“Project→CanoDraw” 命令。刚开始的时候，CanoDraw for Windows 基于现有的活动项目（.con file）、排序结果和 输入数据文件创建了一个新的项目，此时需确认项目名称（和 Canoco project 一样，但以 cdw 作为扩展名），点击“保存”按钮，然后从 Project→Nominal variables 子菜单中选择环境变量， 同时选择 SF, BF, HF, NM 变量（图 16） 2.为创建图表，从 Create→Biplots and Joint Plots 子菜单中选择“Species and env.variables” 项（图 17），最终生成排序图。用“File”子菜单中的“Save”命令保存，并给与命名，当然，在 本文的后一部分，将主要介绍如何修正排序图。
    图 16 CanoDraw 中的变量选择 图 17 排序图的生成 四、修正 CanoDraw 排序图 1.原则上，对排序图的修正，可以通过选择图表的不同部分（如符号、标签、线条、箭 头）来完成。但是在很多分析中，因为排序图初次建立时的选择是比较恰当的，所以对图表 的修正往往事倍功半。 2.如果想修正的话，可通过使用“View”菜单中的“Visual Attributes”命令。选择后，会弹 出如下会话框，首先应选择菜单左边的图表类型，然后尝试改变初始图表分布（图 18）。 图 18 CanoDraw 图形修正菜单
    3.以上的修订命令适用很广泛，基本可适用于所有基于 Canoco 分析所创建的 CanoDraw 项目，但还有一些特别的设置方法，如“Project→Settings”命令，通过此方法，你可以选 择个体是否贴上标签，一个图表究竟建立怎样的属性等等（图 19）。 图 19 Project Settings 具体分布 4.为表明图表中物种间差异，我们不妨来改变物种标签的颜色，既然物种的特征符号为 蓝色，那么我们不妨让它们的标签亦为蓝色，而原始标签默认为黑色。通过左键点击其中一 个物种的标签，一个红色框就出现在标签的周围，把鼠标放在这个框内并点击右键，一个系 列菜单就出现了（图 20）。 图 20 图形修正的右键菜单 5.从这些菜单中，选择第一个“Select Suchlike”命令，这样 CanoDraw 就选择了该物种所 有剩下部分的标签，因为它们采用的是同样大小和型号的字体，如果你想选择图中的所有物 种而无视它们的差异，那么可以选择菜单中第二个“Select Similar”命令。 6.现在点击 F5（或者选择 View→Properties Sheet 命令），然后会出现下图所示对话框（图 21）。
    图 21 标签色彩修改（属性）对话框（一） 7.这是 CanoDraw 图表修正的核心，允许你改变一个或多个选择对象的属性，之前所有 关于图表的属性选项此时都处于激活状态，举例来说，在我们的分析中，Color、line、Fill 和 Font 页就是激活的，但 Symbol 页因为对标签没有意义而没有被激活。此时我们选择颜色 页的蓝色按钮，然后点击“Apply”（见上图）。 8.请注意，在改变图表的选择或转换到另外 CanoDraw 项目时，你没有必要关掉这个属 性表，你可以简单的转换边上的窗口，还可在 CanoDraw 窗口内点击某些部位，比如你可以 点击物种 Symbol 并通过“Select Suchlike”命令再一次选择它们，点回属性表并选择 Symbol 页，此时Symbol 页就是激活的。再比如，此时你可以改变 symbol type 从“Up-triangle”到“Star”， 同时增加特征值到 0.015 等等（图 22）。 图 22 标签色彩修改（属性）对话框（二） 9.在我们的图表中，很多物种的标签在某些地方存在重叠，我们可以重新调整它们的位 置从而让它们可读，但同时要保证它们 symbols 的正确性。为达到这个效果，我们首先用 “View→Zoom”的命令放大图形的比例，一般放大 100%是最合适的，但具体多少取决于你屏 幕分辨率，此时你应该可以看到图标左上角部分，如图 23 所示。
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