生物信息学程序设计.pdf

发布时间：2022-06-09 发布人：admin 分类：说明书资料大小：0.41M 资料格式：pdf 举报版权申诉

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生物信息学程序设计初步

生物信息学程序设计

Why？

一个例子

生物信息学程序设计

以BioXM软件为例…

一个最简单的例子:序列格式化

获得反向互补序列

序列翻译

序列联配

启动子分析：模式识别问题

一个经典的问题: 模式的识别 I

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幻灯片编号 21

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程序设计思路

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生物信息学程序设计初步黄骥南京农业大学

生物信息学程序设计随着基因组计划和后基因组计划的飞速发展，产生了大批的核酸序列数据。通常人们需要进行DNA翻译、ORF查找、同源性比较、酶切位点分析、引物设计等来满足序列分析的需要。为了能够快速有效地进行核酸序列分析，许多生物软件公司或生物信息学工作者开发了分析软件. 比较著名的: GCG系统; DNAstar; DNAssist; ClustalX; GeneDOC……有的时候还必须自己想办法.

Why？ • 计算机专业人员设计生物学程序；未必能切合生物学家 • 分子生物学已经离不开生物信息学的帮助，能做到遇到什么问题能够自己快速高效的解决； • 有些问题没有现成的程序, 尤其是各种组学流行的今天 • 程序收费，使用不方便

• 引物合成有Primer3，Primer 5等比较好的程序，但我还一个例子是自己做了一个。

生物信息学程序设计设计语言 C, C++, VB, JAVA, Perl…. 语言的种类并不重要. 参考书: 生物信息学算法导论化学工业出版社, 2007

以BioXM软件为例… BioXM的编制和运行的软硬件环境要求不高，只要是Windows系统都可以运行，程序编制语言是中文版的Visual Basic 6.0。Win7必须采用XP兼容模式运行.

一个最简单的例子:序列格式化在进行核酸序列分析之前首先要进行核酸的序列整理，以除去非法字符。对于DNA序列，一般只能保留A、G、C、T以及未知的N，要将数字以及其他字符去除。 BioXM采取的算法是通读全部序列，遇到合法字符则保留，非法字符则去除。而其他的一些软件，如流行的DNAssist，对序列要求非常高，只能去除数字，对于含有其他非法字符的序列则不能自动分析。

一个最简单的例子:序列格式化要求: 去掉序列中的数字, 空格等. 方法1: Dim Seqinf As String Dim NewSeq as String Seqinf = UCase(Text1.Text) For i=1 to len(Seqinf) Select case mid(seqinf, i, 1) Case “A”, “G”, “C”, “T”, “N” NewSeq=NewSeq & mid(seqinf, i , 1) End select Next i 速度慢!

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