vasp5.3.5并行版安装教程(亲自编写).pdf

发布时间：2022-06-01 发布人：admin 分类：说明书资料大小：0.70M 资料格式：pdf 举报版权申诉

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vasp5.3.5 安装教程制作者：甄江苏（湘潭大学材料科学与工程学院） 1. 安装 Intel 编译器：。。。。。。。。然后添加环境变量，在/etc/profile 文件中最下面插入： source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/bin/mklvars.sh intel64 然后在终端执行： [root]# source /etc/profile 这里提供的安装包会把其他的 Intel 的组件包括并行编译器也安装上，但是后面不用它的 mpirun 这个命令，而是用 mpich 的 mpirun 命令，所以进入 /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/文件夹，把文件夹 mpirt 改名，让它的路径失效，比如改成 mpirt11111。此外，安装完后后，最好把 licence 文件放到安装目录里，Intel 编译器指定的 license 存放目录之一是/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/license/这个文件夹，这个文件夹要自己新建，然后把 license 文件拷贝进去即可，不然的话，对于共享此软件的其他节点来说，会找不到 license。然后进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/interfaces/fftw3xf/文件夹，执行： [root]# make libintel64 将会生成一个名为 libfftw3xf_intel.a 的静态库文件，用于后面 vasp 的链接。 2. 安装 openmpi：(openmpi 总是出问题，无法多节点并行，原因不明，所以建议用后面的 mpich) 进入 openmpi 解压目录，执行： [root]# ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort [root]# make all install 然后添加环境变量，在/etc/profile 中添加： export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib export MANPATH=$MANPATH:/opt/openmpi/share/man

然后在终端执行： [root]# source /etc/profile 3. 安装 mpich3: 将 mpich3 压缩包解压，然后进入，执行： [root]# ./configure --prefix=/opt/mpich3 --enable-fortran=all --enable-cxx F77=ifort FC=ifort FCFLAGS="-O2 -xHost" FFLAGS="-O2 -xHost" \ CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O2 –xHost" CXXFLAGS="-O2 -xHost" \ --enable-threads=multiple --enable-fast=all --enable-mpit-pvars=all [root]# make -j 8 [root]# make install 然后添加环境变量： export PATH=$PATH:/opt/mpich3/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/ mpich3/lib 然后在终端执行： [root]# source /etc/profile 注意，安装完并行库(不论是 openmpi 还是 mpich)后，都要设置一下：在/etc/目录中新建一个名为 mpd.conf 的文本文件，在里面填写上： MPD_SECRETWORD=mr45-j9z 然后保存退出，给这个文件加上权限： [root]# chmod 600 /etc/mpd.conf 4. 安装 vasp（包含 NEB）将 vasp 的两个压缩包放到一个文件夹中(比如命名为 VASP_Install)，并将这两个压缩包解压，会得到名为 vasp.5.3 和 vasp.5.lib 两个目录，然后进入 vasp.5.lib 文件夹中，找到名为 makefile.linux_ifc_P4 的文件，打开修改：将“FC=ifc”改为“FC=ifort”，然后保存退出，并在终端执行： [root]# make -f makefile.linux_ifc_P4 这将会生成一个名为 libdmy.a 的文件然后编译 vasp 主文件首先进入网站：http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html

下载两个 VTST 相关的压缩包(下图显示的两个) 然后解压或者直接在终端执行： svn co http://theory.cm.utexas.edu/svn/vtsttools 这将会直接将这两个文件的解压版本和另外一个 doc 文件夹下载到 linux 本地的 vtsttools 文件夹下然后将 vtstcode 目录中的所有文件拷贝到 vasp.5.3 目录中，如果有覆盖情况，则选择覆盖修改 vasp.5.3 目录中的 main.F 文件，定位到文件中“CHAIN_FORCE”这行，在 “LATT_CUR%A”前面加上“TSIF, ”如图所示：

然后保存退出。然后将 vasp.5.3 目录中的 makefile.linux_ifc_P4 文件重命名为 makefile，并修改内容：这个文件的上半部分是串行的配置，下半部分是并行的配置(但上半部分某些配置是全局的)，我们主要修改下半部分，上半部分有小改动(行号可能和你们的不一样，但是大概就在那个位置)：将 62, 64, 79 和 98 行用“#”注释掉：在 108 行后面加上“-heap-arrays 64”,而 123 行的 OFLAG 后面可以修改可以不修改，就是优化用的。

将 147 行前的“#”去掉，并把这一行最后面的 “-lguide” 改为 “-mkl=sequential”，然后将 149 行和 182 行用“#”注释掉将 205 行和 206 行的“#”去掉，并在 206 行后面加上“-mkl=sequential”，然后将 223, 224, 225 和 226 行的“#”去掉，并在 225 行后面添加一个“\”(注意，斜杠后面不能有任何字符，要直接换行)，然后将 234 和 235 行的“#”去掉，此处注意，如果采用的是 mpich 版本的并行库，则要把“BLACS=”那行后面改为“- lmkl_blacs_intelmpi_lp64”。最后将 241, 242 和 243 行的“#”去掉(LIB 那部分)。此外，如果需要计算 spin-orbit coupling (SOC)(自旋-轨道耦合 )，则要把“ - DNGZhalf”这个参数去掉(所以可以编译出两个版本的 vasp)。最后，可以将 CPP 中的-DCACHE_SIZE 的数值改为 12000，貌似会加快计算速度。

将 257 和 258 行的“#”去掉。然后就是修改*.o 文件了，在“chain.o”前面加上如下图所示的*.o 文件，注意结尾处的“\”字符后面不能有空格，也就是说输入 “\”后就立即回车，到下一行继续输入(但是行的开始处是可以加空格的，为了美观！)

最后，将下面这里所有的“-lowercase”改成“lowercase”并在前面都加上“-names”，最后在“(-O3 seems to work)”下面的优化项都改成“-O3”

最后保存退出，然后让终端进入 vasp.5.3 中，执行： [root]# make 如果编译不报错，20 分钟左右就会在此目录中生成一个名叫 vasp 的可执行文件，我们只需要这个文件，可以把这个文件拷贝到想要拷贝到的地方，如果想要重新修改 makefile 文件，则修改后要在终端执行： [root]# make clean 以清除先前的文件测试的话，直接在单个机器上测试就行，可以把编译得到的可执行文件放到某个目录下，并把三个 CAR 文件和一个 KPOINTS 文件放进来，然后进入非 root 用户，在此文件夹下执行(8 表示 8 个核)： mpirun -n 8 ./vasp 如果顺利运行，则编译成功！！！

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