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Index

Package ‘igraph’ June 29, 2015 Version 1.0.0 Title Network Analysis and Visualization Author See AUTHORS ﬁle. Maintainer Gabor Csardi Description Routines for simple graphs and network analysis. It can handle large graphs very well and provides functions for generating random and regular graphs, graph visualization, centrality methods and much more. Depends methods Imports Matrix, magrittr, NMF, irlba Suggests igraphdata, stats4, rgl, tcltk, graph, ape, scales License GPL (>= 2) URL http://igraph.org SystemRequirements gmp, libxml2 BugReports https://github.com/igraph/igraph/issues Collate 'adjacency.R' 'auto.R' 'assortativity.R' 'attributes.R' 'basic.R' 'bipartite.R' 'centrality.R' 'centralization.R' 'cliques.R' 'cocitation.R' 'cohesive.blocks.R' 'printr.R' 'community.R' 1

2 'components.R' 'console.R' 'conversion.R' 'data_frame.R' 'decomposition.R' 'degseq.R' 'demo.R' 'embedding.R' 'epi.R' 'ﬁt.R' 'ﬂow.R' 'foreign.R' 'games.R' 'glet.R' 'hrg.R' 'igraph-package.R' 'incidence.R' 'indexing.R' 'interface.R' 'iterators.R' 'layout.R' 'layout_drl.R' 'lazyeval.R' 'make.R' 'mgclust.R' 'minimum.spanning.tree.R' 'motifs.R' 'nexus.R' 'operators.R' 'other.R' 'package.R' 'palette.R' 'par.R' 'paths.R' 'plot.R' 'plot.common.R' 'plot.shapes.R' 'pp.R' 'print.R' 'random_walk.R' 'rewire.R' 'scan.R' 'scg.R' 'sgm.R' 'similarity.R' 'simple.R' 'sir.R' 'socnet.R' 'sparsedf.R' 'structural.properties.R' 'structure.info.R' 'test.R'

R topics documented: 'tkplot.R' 'topology.R' 'triangles.R' 'utils.R' 'uuid.R' 'versions.R' 'weakref.R' 'zzz-deprecate.R' R topics documented: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . igraph-package . . . . . . +.igraph . . . . . . add_edges . . . . . add_layout_ . . . . add_vertices . . . . . adjacent_vertices . . . . all_simple_paths . . alpha_centrality . . . . . are_adjacent . . . . arpack_defaults . . . . articulation_points . . . as.directed . . . . . as.igraph . . . . assortativity . . . . as_adjacency_matrix . . . as_adj_list . . . . as_data_frame . . . . as_edgelist . . . . as_graphnel . as_ids . . . . . as_incidence_matrix . . . as_long_data_frame . . . . as_membership . . . . authority_score . . automorphisms . . . bfs . . . . . . biconnected_components . . . bipartite_mapping . . . bipartite_projection . . . . . c.igraph.es . . c.igraph.vs . . . . canonical_permutation . . . categorical_pal . . . . . . . centralize . . . . centr_betw . . . . . . centr_betw_tmax . . . centr_clo . . . . . . . . centr_clo_tmax . . . centr_degree . . . . . . centr_degree_tmax . centr_eigen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

4 R topics documented: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 . centr_eigen_tmax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 . . cliques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 . closeness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 cluster_edge_betweenness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64 . . cluster_fast_greedy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 . . . cluster_infomap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 . cluster_label_prop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 . cluster_leading_eigen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70 . . cluster_louvain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 . . cluster_optimal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72 cluster_spinglass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 . . cluster_walktrap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76 . . cocitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77 . . cohesive_blocks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 . compare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 complementer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 component_distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 . . component_wise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 . . compose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 . . consensus_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 . . . . console . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 . . . . constraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 . . . contract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 . convex_hull . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 . coreness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 . count_isomorphisms count_motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 . . count_subgraph_isomorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94 count_triangles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 curve_multiple . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 decompose . . . . degree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 delete_edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 . delete_edge_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 delete_graph_attr . . delete_vertex_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 . delete_vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 . . . dfs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 . . diameter . . . difference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 difference.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 difference.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 difference.igraph.vs . . . dim_select . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 . disjoint_union . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 . distance_table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 . . . diverging_pal . diversity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116 . dominator_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 . Drawing graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 . . dyad_census . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

R topics documented: 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . each_edge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 . . . eccentricity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 . . . . edge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 . . . . edge_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 . . . edge_attr<- . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 . edge_attr_names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 . edge_connectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 . . . edge_density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 . . . ego . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134 . eigen_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 . embed_adjacency_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137 embed_laplacian_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 . . ends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 . erdos.renyi.game . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 estimate_betweenness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 . . . ﬁt_hrg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 . . . . ﬁt_power_law . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145 . . . . . . gclust.app . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147 . . . gclust.rsvt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 . . . . get.edge.ids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 . . . . . getAICc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150 . . . . . . . girth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151 . . . . gorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152 . graphlet_basis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152 . . . . . graph_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 . . . . graph_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 . . graph_attr<- . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 . graph_attr_names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156 graph_from_adjacency_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 graph_from_adj_list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161 graph_from_atlas . . . graph_from_edgelist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 . graph_from_graphdb . graph_from_graphnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 graph_from_incidence_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 graph_from_isomorphism_class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168 graph_from_lcf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169 graph_from_literal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171 . graph_version . . . groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172 . . gsize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173 . . . head_of . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174 . . hrg . . . . . hrg-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175 . . . hrg_tree . . . . hub_score . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175 identical_graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176 igraph-attribute-combination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177 . igraph-dollar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180 igraph-es-attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181 igraph-es-indexing . igraph-es-indexing2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

6 R topics documented: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184 . igraph-minus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186 . igraph-vs-attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187 . igraph-vs-indexing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189 . igraph-vs-indexing2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191 . . . igraph_demo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192 . . . igraph_options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193 . . igraph_test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194 . . igraph_version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195 . . . incident . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195 . . . incident_edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196 . intersection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196 intersection.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197 intersection.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198 intersection.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199 . . isomorphic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201 . isomorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202 . isomorphism_class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202 . . . is_bipartite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204 . is_chordal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205 . . . is_dag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206 . . . is_degseq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207 . . . is_directed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207 . . . is_graphical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208 . is_igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209 . is_matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210 . is_min_separator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212 . . . is_named . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213 . is_separator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213 . . . is_weighted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214 . ivs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216 . keeping_degseq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217 knn . . . . laplacian_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218 . layout.fruchterman.reingold.grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 layout.reingold.tilford . . . layout.spring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 . . . layout.svd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 . layout_ . . . . . . . layout_as_bipartite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222 . . layout_as_star . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225 . . . layout_as_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226 . . . layout_in_circle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228 . . . . layout_nicely . . . layout_on_grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230 . . . layout_on_sphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231 . . . layout_randomly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232 . . . . layout_with_dh . layout_with_drl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236 . . . layout_with_fr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238 . layout_with_gem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240 . layout_with_graphopt . layout_with_kk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

R topics documented: 7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243 . layout_with_lgl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244 layout_with_mds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245 layout_with_sugiyama . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249 . . . local_scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250 . make_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251 . make_chordal_ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252 make_clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253 make_de_bruijn_graph . make_empty_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254 . make_full_bipartite_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254 make_full_citation_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256 . . make_full_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257 . . make_graph . . . . . make_kautz_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260 . make_lattice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262 . . make_line_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263 . . . . make_ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264 . . . . . make_star . . . make_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266 . . . . match_vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267 . . . . max_cardinality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268 . . . . . . max_ﬂow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269 . . . . . membership . . merge_coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274 . . . . . min_cut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276 . . . min_separators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 277 . . . min_st_separators . modularity.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 280 . . . . . motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281 . . . . mst . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282 . . . . neighbors . normalize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283 . . . . norm_coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284 . . . . page_rank . . . . . path . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 287 permute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289 . Pie charts as vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290 . . . plot.igraph . . . plot.sir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291 plot_dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292 plot_dendrogram.igraphHRG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296 power_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298 . . predict_edges . print.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 299 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 301 . . print.igraph.es . . print.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 302 print.igraphHRG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303 print.igraphHRGConsensus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 305 print.nexusDatasetInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308 . . radius . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309 . . random_walk . read_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

8 R topics documented: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . reciprocity . . . . . rep.igraph . . . . . . rev.igraph.es . . . . . rev.igraph.vs . . . . . . rewire . . . . rglplot . . . . . . running_mean . . . . . r_pal . . . . sample_ . . . . sample_bipartite . . . sample_correlated_gnp . sample_correlated_gnp_pair . . sample_degseq . . sample_dirichlet . . sample_dot_product . . . . sample_ﬁtness . . . . sample_ﬁtness_pl . . . sample_forestﬁre . . sample_gnm . . . . . . . . sample_gnp . . . . sample_grg . . sample_growing . . . . sample_hierarchical_sbm . . . . sample_hrg . . . . . sample_islands . . . . sample_k_regular . . . . . . sample_last_cit . . . sample_motifs . . . . . . . sample_pa . . . . . . . sample_pa_age . . . . . . sample_pref . . . sample_sbm . . . . . . sample_seq . . . . . sample_smallworld . . . sample_sphere_surface . sample_sphere_volume . . . sample_traits_callaway . . . . . scan_stat . . . . scg . . . . scg-method . . . . . . . scg_eps . . . scg_group . . . . . scg_semi_proj . sequential_pal . . . . . set_edge_attr . . . set_graph_attr . . . set_vertex_attr . . shapes . . . . . . . similarity . . . . simpliﬁed . . . . . simplify . spectrum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 315 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 316 . . . . . . . . . . . . . . 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